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- PDB-3ree: Crystal structure of mitoNEET -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ree
タイトルCrystal structure of mitoNEET
要素CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / mitoNEET / FeS cluster / FeS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion ...protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type / Iron sulphur domain-containing, mitoNEET, N-terminal / Iron-containing outer mitochondrial membrane protein N-terminus / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1/2 / Iron-binding zinc finger CDGSH type / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / Ribosomal Protein L9; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Funk, M.O. / Arif, W. / Xu, S. / Mueser, T.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Complexes of the Outer Mitochondrial Membrane Protein MitoNEET with Resveratrol-3-Sulfate.
著者: Arif, W. / Xu, S. / Isailovic, D. / Geldenhuys, W.J. / Carroll, R.T. / Funk, M.O.
履歴
登録2011年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9512
ポリマ－9,7751
非ポリマー1761
水1,40578
1
A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9024
ポリマ－19,5512
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.640, 58.640, 177.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

HOH

21A-156-

HOH

31A-157-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1 / MitoNEET


分子量: 9775.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CISD1, C10orf70, ZCD1, MDS029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZ45
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were grown by mixing 1 microliter of mitoNEET 23.3 mg/mL in 50 mM Tris HCl, 0.3 M NaCl, pH 8.5 with 1 microliter of 0.1 M Tris HCl, 1.5 ~ 1.8 M ammonium sulfate, pH 8.5 solution ...詳細: Crystals were grown by mixing 1 microliter of mitoNEET 23.3 mg/mL in 50 mM Tris HCl, 0.3 M NaCl, pH 8.5 with 1 microliter of 0.1 M Tris HCl, 1.5 ~ 1.8 M ammonium sulfate, pH 8.5 solution against the same solution. Crystals were appeared in 3 days and flash frozen by transfering into 0.1 M Tris HCl, 1.5 ~ 1.8 M amomnium acete, pH 8.5, 20% xylitol for a few minutes, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→55.684 Å / Num. all: 15831 / Num. obs: 15831 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.76-1.866.60.5141.51489722570.514100
1.86-1.9770.332.31514021580.33100
1.97-2.170.2113.61426020310.211100
2.1-2.2770.1544.71324418860.154100
2.27-2.4970.1165.81225017460.116100
2.49-2.7870.0778.31131416190.07799.9
2.78-3.2170.05710.8992914210.05799.8
3.21-3.946.90.0688830312050.06899.6
3.94-5.576.80.05810.464709500.05899.1
5.57-30.3826.20.03617.234765580.03696.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.98 Å30.38 Å
Translation1.98 Å30.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QD0

2qd0


解像度: 1.76→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2327 / WRfactor Rwork: 0.2074 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / FOM work R set: 0.8529 / SU B: 1.866 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.0863 / SU Rfree: 0.0882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 789 5 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
all0.2032 15856 --
obs0.2032 15766 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.3 Å2 / Biso mean: 28.5501 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数610 0 4 78 692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.022629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.571.933840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14631097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.89723.7532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.47115120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.316154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8491.5368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5831.5148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7912593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.973261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2284.5245
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 56 -
Rwork0.292 1085 -
all-1141 -
obs-1085 99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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