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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3re6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of R4-6 streptavidin | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | BIOTIN BINDING PROTEIN / Streptavidin variants / improved desthiobiotin binding / opened loop destabilization | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Magalhaes, M. / Czecster, C.M. / Guan, R. / Levy, M. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolved streptavidin mutants reveal key role of loop residue in high-affinity binding. 著者: Magalhaes, M.L. / Czekster, C.M. / Guan, R. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Levy, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15996.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 37-164 / 変異: T90S,W108V,L110T,F29L,R53S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 0.2 M Ca-acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→20 Å / Num. obs: 13522 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Num. unique all: 617 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 92 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3RDS 解像度: 1.823→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.1812 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8721 / SU B: 4.415 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1194 / SU Rfree: 0.1214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.17 Å2 / Biso mean: 25.94 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.823→19.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.823→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.4696 Å / Origin y: -24.5671 Å / Origin z: -2.1331 Å
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