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- PDB-3re2: Crystal structure of menin reveals the binding site for Mixed Lin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3re2
タイトルCrystal structure of menin reveals the binding site for Mixed Lineage Leukemia (MLL) protein
要素Predicted protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / menin / Multiple Endocrine Neoplasia 1 / Tumor suppressor / Mixed Lineage Leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / histone methyltransferase complex / negative regulation of cell cycle / chromatin organization / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin
類似検索 - 分子機能
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Murai, M.J. / Chruszcz, M. / Reddy, G. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Menin Reveals Binding Site for Mixed Lineage Leukemia (MLL) Protein.
著者: Murai, M.J. / Chruszcz, M. / Reddy, G. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2011年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0902
ポリマ－52,9981
非ポリマー921
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.881, 89.881, 115.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-487-

GOL

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要素

#1: タンパク質 Predicted protein


分子量: 52997.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク)
遺伝子: v1g241841 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A7RZU9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.9787
シンクロトロンAPS 19-BM20.9791
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2011年3月17日mirrors
ADSC QUANTUM 210r2CCD2011年3月17日mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97911
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 35267 / Num. obs: 35267 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1725 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MD2データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.995 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21145 1767 5 %RANDOM
Rwork0.16107 ---
all0.16349 33400 --
obs0.16349 33400 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 6 339 3813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.954950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00135959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8945448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12924.593172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71215615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8421515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9861.52220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2971.5891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73123581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62131425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0124.51366
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 115 -
Rwork0.191 2448 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.57843.04710.71395.28520.97933.55530.07310.5278-0.4058-0.22880.0670.03970.4295-0.1627-0.14010.1452-0.0215-0.02750.1395-0.0240.076915.21231.0021.918
22.02891.7199-0.67785.3191-1.79553.028-0.08570.0626-0.2216-0.09460.12170.19950.2275-0.314-0.0360.0496-0.02970.00180.08120.00110.071712.46533.96712.029
32.94362.47570.39457.1954-0.05991.8942-0.11240.13260.08580.03160.16360.4854-0.1695-0.398-0.05120.0829-0.0049-0.03980.15230.05940.09056.63345.3369.053
41.63020.2745-0.14742.3433-1.00782.4754-0.0558-0.06850.09310.17180.09570.1124-0.2018-0.1898-0.03990.04890.01290.01360.04190.01030.032612.88845.56420.893
52.827-0.88321.49432.7006-0.87022.1074-0.19-0.22050.29950.26990.1481-0.1269-0.37950.22260.04190.1445-0.0296-0.00590.1308-0.0350.136226.94349.36426.123
61.6379-0.6072-0.37932.68570.08831.6948-0.07610.0349-0.11970.06550.05310.14210.29070.01280.0230.0851-0.00950.01520.059-0.00930.041222.74729.10914.141
70.92180.54630.26353.6611.1092.21870.00840.0252-0.0396-0.02650.0548-0.32640.23540.2089-0.06320.06310.03780.0120.0926-0.01290.077534.93427.10917.148
81.8464-0.6574-0.272.6939-0.49641.7098-0.0752-0.3188-0.23840.24560.0529-0.06830.21720.05910.02230.1080.044-0.040.17610.02160.118335.57726.33834.223
92.8741-1.65-0.06052.15-0.30861.9302-0.3378-0.5673-0.11730.43340.1911-0.2421-0.01630.34230.14670.18680.0799-0.09930.3910.07760.168844.34527.21845.468
1022.2674-22.13321.4145.6762-14.619616.182-0.4361-1.20630.38841.36030.1207-1.24750.2570.41660.31540.47830.0741-0.13830.61260.02790.061839.85729.46456.078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4A89 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5A150 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6A209 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7A253 - 292
8X-RAY DIFFRACTION8A293 - 358
9X-RAY DIFFRACTION9A370 - 445
10X-RAY DIFFRACTION10A451 - 459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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