PDB-3rdw: Putative arsenate reductase from Yersinia pestis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rdw

タイトル

Putative arsenate reductase from Yersinia pestis

要素

Putative arsenate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / arsenate reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin) / arsenate reductase (glutaredoxin) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Putative arsenate reductase from Yersinia pestis.
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rdw.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rdw.ent.gz	84.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rdw_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rdw_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	3rdw_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3rdw_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/3rdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/3rdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t3t-4 2e7p-2 3poe-d 6ip9-d 1f6s-3 4ts8-d 3t3t-2 1oj1-d 1f6s-4 6mo7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp00581

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative arsenate reductase

B: Putative arsenate reductase

ヘテロ分子

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative arsenate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative arsenate reductase

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.166, 28.659, 70.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.870, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative arsenate reductase 分子量: 13770.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: yfgD, YPO3070 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0WCJ8, UniProt: A0A5P8YJ13*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES buffer, 0.5% Jeffamine ED-2001 Reagent, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月7日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→33.4 Å / Num. all: 13287 / Num. obs: 13287 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 47 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / Χ²: 1.97 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.1	0.625	2	643	1.04	100
2.24-2.28	3.2	0.557		651	1.057	99.8
2.28-2.32	3.3	0.533		683	0.982	99.9
2.32-2.37	3.4	0.491		665	1.088	100
2.37-2.42	3.5	0.439		657	1.091	99.8
2.42-2.48	3.5	0.364		647	1.14	100
2.48-2.54	3.6	0.327		676	1.132	99.7
2.54-2.61	3.6	0.322		695	1.258	100
2.61-2.69	3.6	0.3		639	1.337	99.7
2.69-2.77	3.6	0.265		660	1.378	99.7
2.77-2.87	3.6	0.212		683	1.628	99.9
2.87-2.99	3.6	0.179		658	1.918	99.8
2.99-3.12	3.5	0.168		666	2.011	99.1
3.12-3.29	3.5	0.143		681	2.532	99.3
3.29-3.49	3.4	0.117		660	2.767	98.2
3.49-3.76	3.3	0.094		669	3.278	97.2
3.76-4.14	3.2	0.085		665	3.727	96.9
4.14-4.74	3.1	0.073		635	3.622	93.1
4.74-5.97	3.1	0.072		666	3.604	96.5
5.97-50	2.9	0.06		688	3.793	93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F0I

3f0i

解像度: 2.2→33.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.203 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2626	652	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1985	-	-	-
all	0.2016	13223	-	-
obs	0.2016	13223	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.21 Å² / B_iso mean: 48.0264 Å² / B_iso min: 24.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.46 Å²	0 Å²	-0.4 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1828	0	5	54	1887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.71	2.015	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	3	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.344	5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.46	24.725	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.035	15	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.661	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.792	1.5	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	1.5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.496	2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.845	3	737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.567	4.5	666

LS精密化シェル

解像度: 2.195→2.252 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	48	-
R_work	0.205	865	-
all	-	913	-
obs	-	913	93.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1187	1.4894	0.0808	2.0154	0.6525	1.012	0.0267	0.2597	0.1553	-0.1776	-0.0331	0.1137	-0.0981	-0.0783	0.0064	0.0319	0.031	0.0064	0.0879	0.0415	0.0774	16.4472	19.1432	0.3083
2	1.4971	-1.1847	2.07	3.9793	-1.1984	4.552	0.0886	-0.4239	-0.1102	0.2081	0.06	0.4933	0.3177	-0.8154	-0.1486	0.2338	-0.0979	0.0008	0.3185	0.0285	0.1004	10.4798	7.9115	26.612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	119 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	119 - 133

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関連情報:EMDBヘッダ

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