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- PDB-3rcc: Crystal Structure of the Streptococcus agalactiae Sortase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rcc
タイトルCrystal Structure of the Streptococcus agalactiae Sortase A
要素Sortase SrtA
キーワードHYDROLASE / Sortase fold / Beta-barrel / Housekeeping sortase / Surface protein anchoring / Pili anchoring / Pili biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sortase A / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Khare, B. / Narayana, S.V.L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural differences between the Streptococcus agalactiae housekeeping and pilus-specific sortases: SrtA and SrtC1.
著者: Khare, B. / Krishnan, V. / Rajashankar, K.R. / I-Hsiu, H. / Xin, M. / Ton-That, H. / Narayana, S.V.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase SrtA
B: Sortase SrtA
C: Sortase SrtA
D: Sortase SrtA
E: Sortase SrtA
F: Sortase SrtA
G: Sortase SrtA
H: Sortase SrtA
I: Sortase SrtA
J: Sortase SrtA
K: Sortase SrtA
L: Sortase SrtA
M: Sortase SrtA
N: Sortase SrtA
O: Sortase SrtA
P: Sortase SrtA
Q: Sortase SrtA
R: Sortase SrtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,91591
ポリマ－311,14118
非ポリマー4,77573
水97354
1
A: Sortase SrtA
B: Sortase SrtA
C: Sortase SrtA
D: Sortase SrtA
E: Sortase SrtA
F: Sortase SrtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,41432
ポリマ－103,7146
非ポリマー1,70126
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Sortase SrtA
H: Sortase SrtA
I: Sortase SrtA
J: Sortase SrtA
K: Sortase SrtA
L: Sortase SrtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,21829
ポリマ－103,7146
非ポリマー1,50423
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Sortase SrtA
N: Sortase SrtA
O: Sortase SrtA
P: Sortase SrtA
Q: Sortase SrtA
R: Sortase SrtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,28330
ポリマ－103,7146
非ポリマー1,57024
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.674, 167.759, 97.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A66 - 115
2114G66 - 115
3114M66 - 115
1214A66 - 184
2214G66 - 184
3214M66 - 184
1314A66 - 205
2314G66 - 205
3314M66 - 205
1414B66 - 115
2414H66 - 115
3414N66 - 115
1514B66 - 184
2514H66 - 184
3514N66 - 184
1614B66 - 205
2614H66 - 205
3614N66 - 205
1714C66 - 115
2714I66 - 115
3714O66 - 115
1814C66 - 184
2814I66 - 184
3814O66 - 184
1914C66 - 205
2914I66 - 205
3914O66 - 205
11014D66 - 115
21014J66 - 115
31014P66 - 115
11114D66 - 184
21114J66 - 184
31114P66 - 184
11214D66 - 205
21214J66 - 205
31214P66 - 205
11314E66 - 115
21314K66 - 115
31314Q66 - 115
11414E66 - 184
21414K66 - 184
31414Q66 - 184
11514E66 - 205
21514K66 - 205
31514Q66 - 205
11614F66 - 115
21614L66 - 115
31614R66 - 115
11714F66 - 184
21714L66 - 184
31714R66 - 184
11814F66 - 205
21814L66 - 205
31814R66 - 205

-
要素

#1: タンパク質
Sortase SrtA


分子量: 17285.590 Da / 分子数: 18 / 断片: UNP residues 82-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
株: SAG2603 V/R / 遺伝子: SAG0961, srtA, srtA (SAG0961) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DZY1
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG8000, 0.1 M imidazole, 0.2 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 68853 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD / 解像度: 3.1→39.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 23.095 / SU ML: 0.407 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29907 3478 5.1 %RANDOM
Rwork0.23166 ---
obs0.23507 65303 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.573 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.02 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17680 0 73 54 17807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02218031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.96824495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04552289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.09825.683681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.581152985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8631518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.22914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.511598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.458218764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37436433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5184.55731
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4844 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.580.5
Bmedium positional0.580.5
Cmedium positional0.580.5
Dmedium positional0.580.5
Emedium positional0.580.5
Fmedium positional0.580.5
Gmedium positional0.670.5
Hmedium positional0.670.5
Imedium positional0.670.5
Jmedium positional0.670.5
Kmedium positional0.670.5
Lmedium positional0.670.5
Mmedium positional0.810.5
Nmedium positional0.810.5
Omedium positional0.810.5
Pmedium positional0.810.5
Qmedium positional0.810.5
Rmedium positional0.810.5
Amedium thermal0.852
Bmedium thermal0.852
Cmedium thermal0.852
Dmedium thermal0.852
Emedium thermal0.852
Fmedium thermal0.852
Gmedium thermal1.122
Hmedium thermal1.122
Imedium thermal1.122
Jmedium thermal1.122
Kmedium thermal1.122
Lmedium thermal1.122
Mmedium thermal1.052
Nmedium thermal1.052
Omedium thermal1.052
Pmedium thermal1.052
Qmedium thermal1.052
Rmedium thermal1.052
LS精密化 シェル解像度: 3.098→3.178 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 252 -
Rwork0.316 4556 -
obs--94.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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