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- PDB-3rc8: Human Mitochondrial Helicase Suv3 in Complex with Short RNA Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rc8
タイトルHuman Mitochondrial Helicase Suv3 in Complex with Short RNA Fragment
要素
  • ATP-dependent RNA helicase SUPV3L1, mitochondrial
  • RNA fragment
キーワードHYDROLASE/RNA / Helicaase / Suv3 / Mitochondria (ミトコンドリア) / RNA (リボ核酸) / Helicase (ヘリカーゼ) / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial ncRNA surveillance / mitochondrial mRNA surveillance / mitochondrial RNA surveillance / mitochondrial degradosome / mitochondrial mRNA catabolic process / positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA 3'-end processing / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / 3'-5' RNA helicase activity ...mitochondrial ncRNA surveillance / mitochondrial mRNA surveillance / mitochondrial RNA surveillance / mitochondrial degradosome / mitochondrial mRNA catabolic process / positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA 3'-end processing / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / 3'-5' RNA helicase activity / RNA catabolic process / DNA duplex unwinding / mitochondrial nucleoid / DNA helicase activity / mitochondrion organization / helicase activity / double-stranded RNA binding / positive regulation of cell growth / DNA recombination / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ミトコンドリアマトリックス / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #140 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #40 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1080 / Suv3, C-terminal domain 1 / Suv3, N-terminal / Suv3, DEXQ-box helicase domain / Suv3 helical N-terminal domain / Suv3 C-terminal domain 1 / Mitochondrial degradasome RNA helicase subunit, C-terminal domain / Mitochondrial degradasome RNA helicase subunit C terminal ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #140 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #40 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1080 / Suv3, C-terminal domain 1 / Suv3, N-terminal / Suv3, DEXQ-box helicase domain / Suv3 helical N-terminal domain / Suv3 C-terminal domain 1 / Mitochondrial degradasome RNA helicase subunit, C-terminal domain / Mitochondrial degradasome RNA helicase subunit C terminal / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Helicase, C-terminal / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / ATP-dependent RNA helicase SUPV3L1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dauter, Z. / Jedrzejczak, R. / Dauter, M. / Wang, J. / Szczesny, R. / Stepien, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Human Suv3 protein reveals unique features among SF2 helicases.
著者: Jedrzejczak, R. / Wang, J. / Dauter, M. / Szczesny, R.J. / Stepien, P.P. / Dauter, Z.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32012年3月28日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase SUPV3L1, mitochondrial
E: RNA fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8972
ポリマ－77,8972
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.430, 94.430, 88.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase SUPV3L1, mitochondrial / Suppressor of var1 3-like protein 1 / SUV3-like protein 1


分子量: 76071.328 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 47-722 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPV3L1, SUV3 / プラスミド: pDEST-HISMBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8IYB8, ヘリカーゼ
#2: RNA鎖 RNA fragment


分子量: 1826.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6% PEG 3350, 0.1 M Na citrate, 10 % glycerol, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR300 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月18日 / 詳細: Focusing mirrors
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 19411 / Num. obs: 19411 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 75.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2
2.9-35.50.4074.4619570.925
3-3.125.50.276.9319160.998
3.12-3.275.60.1989.7619721.051
3.27-3.445.50.14713.6519101.197
3.44-3.655.60.10717.5319551.133
3.65-3.935.60.08420.6719231.091
3.93-4.335.60.06724.4619651.011
4.33-4.955.60.06525.8919421.124
4.95-6.235.60.06127.119301.113
6.23-305.50.03935.1519411.004

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RC3

3rc3


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.2345 / WRfactor Rwork: 0.1801 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.8314 / SU B: 32.062 / SU ML: 0.28 / SU R Cruickshank DPI: 0.2763 / SU Rfree: 0.3654 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 991 5.1 %RANDOM
Rwork0.1772 ---
all0.1803 19389 --
obs0.1803 19389 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.91 Å2 / Biso mean: 63.801 Å2 / Biso min: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0.21 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 107 0 0 4975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9966929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.385607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3723.839224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg2015876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.91532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.53053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4324955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0732045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.574.51974
LS精密化 シェル解像度: 2.903→2.978 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 72 -
Rwork0.251 1361 -
all-1433 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8821-1.08241.60750.4330.26662.5443-0.0618-0.104-0.0265-0.0665-0.02460.0471-0.2661-0.1440.08630.04360.05510.01390.14570.07030.223-15.485662.725230.7623
24.16511.89020.47582.5223-0.34191.60250.079-0.12790.068-0.03650.07150.0106-0.2141-0.6039-0.15050.05260.09940.02880.28140.07320.0395-31.697965.835534.9194
312.5552.33151.79451.466-0.51250.97190.1559-0.80470.1160.25620.06450.21-0.138-0.3112-0.22040.07290.08310.00830.31340.07850.1796-24.407164.302340.0085
44.68961.71192.43540.67760.85314.85060.3369-0.20410.43860.2276-0.13840.0938-0.039-0.186-0.19850.2504-0.0179-0.04420.13820.01850.2269-0.144266.920144.2283
51.4818-0.08720.00981.76750.32791.56970.06550.0013-0.0411-0.0371-0.0638-0.124-0.01560.218-0.00170.0168-0.02630.02090.1032-0.00750.085329.315764.60136.5208
62.10050.9080.30662.1544-0.42982.3424-0.07750.3403-0.0807-0.3227-0.0726-0.2097-0.10150.31690.15010.1482-0.01240.08430.17370.02480.07833.088770.79746.6661
73.5284-3.8233-2.34444.95831.26173.6288-0.1449-0.20390.17320.26680.1873-0.2215-0.14450.2833-0.04250.142-0.09950.03080.15660.01350.086834.429179.051813.835
89.79437.4068-15.45125.6087-11.570426.30550.76770.01840.510.5522-0.01720.4016-1.7995-0.5044-0.75050.29210.1210.04160.14680.05310.313222.353885.531123.949
91.31910.93070.23291.49770.22290.67810.08060.01480.08060.1378-0.00060.0248-0.0593-0.0675-0.07990.04350.03820.02450.05550.00760.09692.469663.386735.5273
102.01590.3015-0.82441.04820.00791.40790.01890.1583-0.1258-0.10.0415-0.09790.12330.0127-0.06030.04570.0248-0.00960.0577-0.03760.035315.68249.504513.9751
113.1616-2.45896.031913.1041-16.660526.56720.138-0.4298-0.07280.4871-0.00340.2394-0.9492-0.7091-0.13460.19360.0334-0.00020.1241-0.02880.147318.21565.286116.5381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A58 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3A152 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4A176 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A188 - 347
6X-RAY DIFFRACTION6A348 - 445
7X-RAY DIFFRACTION7A457 - 487
8X-RAY DIFFRACTION8A495 - 508
9X-RAY DIFFRACTION9A509 - 551
10X-RAY DIFFRACTION10A552 - 689
11X-RAY DIFFRACTION11E4 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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