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- PDB-3rbt: Crystal structure of glutathione S-transferase Omega 3 from the s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rbt
タイトルCrystal structure of glutathione S-transferase Omega 3 from the silkworm Bombyx mori
要素Glutathione transferase o1
キーワードTRANSFERASE / glutathione S-transferase Omega3
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase activity / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, omega-class / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, omega-class / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione transferase o1
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, B.-Y. / Ma, X.-X. / Tan, X. / Yang, J.-P. / Zhang, N.-N. / Li, W.-F. / Chen, Y. / Xia, Q. / Zhou, C.-Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure-guided activity restoration of the silkworm glutathione transferase Omega GSTO3-3
著者: Chen, B.-Y. / Ma, X.-X. / Guo, P.-C. / Tan, X. / Li, W.-F. / Yang, J.-P. / Zhang, N.-N. / Chen, Y. / Xia, Q. / Zhou, C.-Z.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase o1
B: Glutathione transferase o1
C: Glutathione transferase o1
D: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,9878
ポリマ－117,6184
非ポリマー3684
水6,431357
1
A: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子

A: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9934
ポリマ－58,8092
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
2
B: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子

C: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9934
ポリマ－58,8092
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_445x-1/2,-y-1/2,-z1
3
C: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子

B: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9934
ポリマ－58,8092
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_545x+1/2,-y-1/2,-z1
4
D: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子

D: Glutathione transferase o1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9934
ポリマ－58,8092
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)108.537, 139.030, 128.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERBB6 - 24012 - 246
21VALVALAA11 - 24017 - 246
12SERSERCC6 - 24012 - 246
22VALVALAA11 - 24017 - 246
13HISHISDD-1 - 2405 - 246
23VALVALAA11 - 24017 - 246

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Glutathione transferase o1 / glutathione S-transferase Omega 3


分子量: 29404.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HPV9, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% polyethylene glycol 3350, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49572 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EEM

1eem


解像度: 2.2→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 14.251 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26288 2509 5.1 %RANDOM
Rwork0.21503 ---
obs0.21748 47061 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7857 0 24 357 8238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0228106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.96110976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0815926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6323.093430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.161151396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0711568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4031.54673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77827587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22933433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0714.53389
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B1920LOOSE POSITIONAL0.45
1B1920LOOSE THERMAL1.4210
2C1892LOOSE POSITIONAL1.375
2C1892LOOSE THERMAL1.6810
3D1942LOOSE POSITIONAL0.455
3D1942LOOSE THERMAL1.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 176 -
Rwork0.216 3405 -
obs--98.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8265-0.1311-0.09421.88580.03031.78-0.02090.10110.1246-0.17460.02060.12880.0088-0.0460.00030.0684-0.0476-0.01560.0776-0.0070.0628-11.841-17.66323.102
21.25930.2931-0.6171.4420.17622.77210.03850.01520.13370.0214-0.0691-0.1265-0.09420.11250.03050.05070.0093-0.02950.11910.06170.0843-40.562-17.9239.736
32.5320.41580.31652.1839-0.3282.99270.1294-0.0029-0.26810.1206-0.0830.09880.1809-0.2007-0.04630.06640.01850.01290.12-0.03790.0783-11.397-51.8626.583
41.7438-0.17370.34271.70440.12022.3517-0.05080.0989-0.2078-0.15530.0529-0.26850.10350.1257-0.00210.0722-0.04260.07030.0802-0.00680.1503-40.247-52.51525.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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