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- PDB-3rao: Crystal Structure of the Luciferase-like Monooxygenase from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rao
タイトルCrystal Structure of the Luciferase-like Monooxygenase from Bacillus cereus ATCC 10987.
要素Putative Luciferase-like Monooxygenase
キーワードStructural Genomics / Unknown function / unknown / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / enzyme
機能・相同性Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Bacterial luciferase family protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Luciferase-like Monooxygenase from Bacillus cereus ATCC 10987.
著者: Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Luciferase-like Monooxygenase
B: Putative Luciferase-like Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,94412
ポリマ－84,9832
非ポリマー96110
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative Luciferase-like Monooxygenase
ヘテロ分子

A: Putative Luciferase-like Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,94412
ポリマ－84,9832
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_564-x+y,-x+1,z-1/31
Buried area5190 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.807, 126.807, 124.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 348
2114B0 - 348

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要素

#1: タンパク質 Putative Luciferase-like Monooxygenase


分子量: 42491.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_1067 / プラスミド: p15Tvlic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q73CJ8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M NaHepes, pH 7.5, 4%PEG400, 2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 50096 / Num. obs: 50096 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2529 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
直接法モデル構築
MLPHARE位相決定
CCP4モデル構築
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.6.0070精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.857 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20994 2536 5.1 %RANDOM
Rwork0.16775 ---
all0.16987 47374 --
obs0.16987 47374 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5474 0 50 285 5809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.023807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9567661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91139266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9675690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20224.354271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5215964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4481534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4489 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.430.5
medium thermal3.842
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 177 -
Rwork0.248 3511 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3746-0.18260.10.1522-0.11310.34070.0363-0.0032-0.00680.0823-0.01250.03360.0212-0.1341-0.02370.27410.01870.03940.32940.00160.0483-6.72377.274-4.405
20.2193-0.00510.35580.26320.14670.7343-0.0278-0.0417-0.0040.02040.05970.00410.0076-0.049-0.03190.2574-0.01260.0270.30540.01070.0526-1.16570.246-2.264
30.92210.08950.92120.78350.43641.1538-0.01390.0407-0.0619-0.05310.1211-0.15310.1040.152-0.10720.26670.04890.04920.36210.03840.06215.72863.5311.962
40.9980.31280.55350.6962-0.01630.38860.0172-0.20060.11060.0205-0.05820.0869-0.038-0.0990.0410.3020.01240.04230.3305-0.02750.0224-8.18180.015-3.443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 19
2X-RAY DIFFRACTION1B-2 - 19
3X-RAY DIFFRACTION2A20 - 127
4X-RAY DIFFRACTION2B20 - 132
5X-RAY DIFFRACTION3A128 - 200
6X-RAY DIFFRACTION3B133 - 194
7X-RAY DIFFRACTION4A201 - 348
8X-RAY DIFFRACTION4B195 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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