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万見
- PDB-3ran: CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ran
タイトルCANINE GDP-RAN Q69L MUTANT
要素PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GTPASE / NUCLEAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / RISC complex / GTP metabolic process / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus ...RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / RISC complex / GTP metabolic process / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / protein import into nucleus / nuclear envelope / melanosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cell division / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Stewart, M. / Kent, H.M. / Mccoy, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The structure of the Q69L mutant of GDP-Ran shows a major conformational change in the switch II loop that accounts for its failure to bind nuclear transport factor 2 (NTF2).
著者: Stewart, M. / Kent, H.M. / McCoy, A.J.
履歴
登録1998年10月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
B: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
C: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
D: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,63512
ポリマ－97,7654
非ポリマー1,8708
水3,783210
1
A: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9093
ポリマ－24,4411
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9093
ポリマ－24,4411
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9093
ポリマ－24,4411
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9093
ポリマ－24,4411
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.090, 59.170, 116.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99461, -0.10357, 0.00455), (0.10351, 0.98973, -0.09857), (0.0057, 0.09851, 0.99512)10.27816, 13.10003, -56.30025
2given(-0.12468, 0.1117, 0.98589), (-0.13047, -0.98686, 0.09531), (0.98358, -0.11675, 0.13762)-38.01392, 26.03238, 30.14345
3given(-0.13794, 0.0068, 0.99042), (0.0033, -0.99997, 0.00732), (0.99043, 0.00428, 0.13791)-93.14473, 25.60413, 29.0372

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN) / TC4


分子量: 24441.135 Da / 分子数: 4 / 変異: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q69L MUTANT CONSTRUCTED BY PROTEIN ENGINEERING / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris
解説: CDNA OBTAINED BY SITE-SPECIFIC MUTAGENESIS OF WILD-TYPE CANINE RAN CDNA AS DESCRIBED IN PUBLICATION
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P62825
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: SEE PUBLICATION, pH 7.2
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
235 %PEG10001reservoir
320 mM1reservoirMgCl2
450 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0378
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0378 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.3 Å / Num. obs: 35632 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 94.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 76123
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EBI-1279

解像度: 2.15→6 Å / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 -5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs-22660 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6503 0 116 210 6829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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