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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ran | ||||||
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タイトル | CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT | ||||||
![]() | PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN) | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / GTPASE / NUCLEAR TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / GTP metabolic process / RISC complex / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus ...RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / GTP metabolic process / RISC complex / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein import into nucleus / melanosome / nuclear envelope / cell division / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stewart, M. / Kent, H.M. / Mccoy, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the Q69L mutant of GDP-Ran shows a major conformational change in the switch II loop that accounts for its failure to bind nuclear transport factor 2 (NTF2). 著者: Stewart, M. / Kent, H.M. / McCoy, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 630.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 646.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24441.135 Da / 分子数: 4 / 変異: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q69L MUTANT CONSTRUCTED BY PROTEIN ENGINEERING / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: CDNA OBTAINED BY SITE-SPECIFIC MUTAGENESIS OF WILD-TYPE CANINE RAN CDNA AS DESCRIBED IN PUBLICATION 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: SEE PUBLICATION, pH 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月29日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0378 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→32.3 Å / Num. obs: 35632 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 76123 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: EBI-1279 解像度: 2.15→6 Å / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.23
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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