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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rab | ||||||
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タイトル | GPPNHP-BOUND RAB3A AT 2.0 A RESOLUTION | ||||||
要素 | PROTEIN (RAB3A) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / G PROTEIN / VESICULAR TRAFFICKING / GTP HYDROLYSIS / RAB PROTEIN / NEUROTRANSMITTER RELEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP-dissociation inhibitor binding / evoked neurotransmitter secretion / acrosomal vesicle exocytosis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / positive regulation of regulated secretory pathway / regulation of plasma membrane repair / maintenance of presynaptic active zone structure / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / sensory perception of touch / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis ...GDP-dissociation inhibitor binding / evoked neurotransmitter secretion / acrosomal vesicle exocytosis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / positive regulation of regulated secretory pathway / regulation of plasma membrane repair / maintenance of presynaptic active zone structure / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / sensory perception of touch / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / RAB geranylgeranylation / Rab protein signal transduction / synaptic vesicle recycling / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulated exocytosis / regulation of synaptic vesicle priming / synaptic vesicle clustering / synaptic vesicle maturation / neuromuscular synaptic transmission / GTP-dependent protein binding / regulation of exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / myosin V binding / plasma membrane repair / lysosome localization / respiratory system process / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / insulin secretion / Neutrophil degranulation / regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle transport / regulation of dopamine secretion / presynaptic active zone / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / ATPase activator activity / protein secretion / response to electrical stimulus / post-embryonic development / axonogenesis / acrosomal vesicle / secretory granule / establishment of localization in cell / mitochondrion organization / lung development / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / postsynapse / lysosome / endosome / axon / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Dumas, J.J. / Zhu, Z. / Connolly, J.L. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Structural basis of activation and GTP hydrolysis in Rab proteins. 著者: Dumas, J.J. / Zhu, Z. / Connolly, J.L. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rab.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rab.ent.gz | 34.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rab.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rab_validation.pdf.gz | 736.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rab_full_validation.pdf.gz | 738.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3rab_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rab_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3rab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3rab | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5p21S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19655.135 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P63012 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 14%PEG-8000,50 MM NAMES, PH 6.5, 200 MM NACL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 10595 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 0.197 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.197 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5P21 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.184 |