[日本語] English
万見
- PDB-3r9c: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CYP164A2 with Econaz... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r9c
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis CYP164A2 with Econazole bound
要素Cytochrome P450 164A2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ECL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 107B1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Agnew, C.R.J. / Kelly, S.L. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: An enlarged, adaptable active site in CYP164 family P450 enzymes, the sole P450 in Mycobacterium leprae.
著者: Agnew, C.R. / Warrilow, A.G. / Burton, N.M. / Lamb, D.C. / Kelly, S.L. / Brady, R.L.
履歴
登録2011年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 164A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,33111
ポリマ－45,5561
非ポリマー1,77510
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.790, 85.790, 121.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 164A2


分子量: 45555.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
属: MSMEG_6312 / 株: ATCC 700084 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0R5U2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
非ポリマー , 5種, 125分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ECL / 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole / R-Econazole / 1-[(βR)-β-(4-クロロベンジルオキシ)-2,4-ジクロロフェネチル]-1H-イミダゾ-ル


分子量: 381.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15Cl3N2O
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 % / Mosaicity: 0.95 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000MME, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月16日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→70.16 Å / Num. all: 22538 / Num. obs: 22538 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.7 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.14-2.2611.70.5220.5011.53556830410.1430.5220.5015.792.1
2.26-2.3911.40.3860.372.13394229850.1070.3860.377.295.4
2.39-2.5611.20.2980.2852.73248228910.0830.2980.2858.896.9
2.56-2.7611.40.2120.2033.83072426990.0590.2120.20311.697.1
2.76-3.0311.50.1510.1455.32876025070.0430.1510.14515.198.5
3.03-3.3811.80.1030.0987.52721023130.0290.1030.09821.199.3
3.38-3.9112.40.0770.0749.32601921040.0220.0770.07429.799.9
3.91-4.7911.80.0610.05811.22067217470.0170.0610.0583698.8
4.79-6.7713.30.0620.0610.41877314100.0170.0620.0637.699.8
6.77-40.63712.30.0370.03517.4103798410.010.0370.03544.799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 43.67 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.73 Å
Translation2.5 Å36.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
GDAデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R9B

3r9b


解像度: 2.14→70.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.263 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 1154 5.1 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.202 22446 96.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.08 Å2 / Biso mean: 25.7285 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→70.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 116 115 3286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9312.0554458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2565407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.95422.899138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62115513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5911534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1941.52017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.37723247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.63431252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1094.51207
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.196 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 71 -
Rwork0.212 1448 -
all-1519 -
obs--90.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
126.1912-4.083720.4324.034-2.0419.80430.4791.2991-0.1038-0.5803-0.4063-0.18610.39260.6248-0.07270.16920.12240.04960.2219-0.01550.107716.673716.268219.2865
22.9071-1.72493.35993.617-2.92754.77130.08780.28520.1837-0.4253-0.1511-0.24590.24490.18360.06330.12550.02940.02780.10680.04080.104911.789622.697423.4913
33.02772.78632.29789.23572.71241.9087-0.10590.06270.1561-0.67590.11230.0604-0.1805-0.0428-0.00640.12720.07620.01140.11470.06150.1573-0.849516.740423.4395
46.7164-8.3273-7.030510.77918.60847.4658-0.8726-0.2235-0.72240.94290.12370.86631.05050.12820.74890.304-0.06220.01340.34110.01890.228-3.36473.649624.5964
50.6474-1.0045-1.96081.5663.05335.95490.05090.03750.0282-0.0841-0.0358-0.0024-0.1541-0.0953-0.01510.29220.0118-0.01750.20490.0160.29592.6774-6.703226.2797
64.2191.52141.96952.03161.26051.57930.0432-0.2133-0.02920.3194-0.12730.19410.1835-0.08060.08410.1303-0.01050.04540.10550.03220.04397.50078.146252.8662
76.25686.9112-1.76149.1034-0.87822.10540.1915-0.1287-0.24320.2804-0.0744-0.37320.1440.0448-0.11710.05520.0151-0.02720.06550.03750.055420.64068.775348.8181
85.6222-0.81012.69686.2482-3.981611.50120.0503-0.2148-0.06030.0094-0.0713-0.40910.2669-0.0740.0210.06750.00060.00140.0242-0.03060.157217.0499-0.457337.5853
90.1383-1.47141.785516.2906-19.785224.03760.0730.08230.0019-1.3389-0.3674-0.21321.5980.40450.29440.5535-0.1215-0.02960.5605-0.11350.44716.1164-1.302224.5448
104.9957-2.6982-3.33563.7783-0.38658.7016-0.12750.046-0.44540.22610.1304-0.1210.55760.0728-0.00290.2696-0.0529-0.10140.1445-0.03250.20666.57-11.008248.2697
119.2076.76551.065713.35382.76484.82070.3713-0.4235-0.35140.1886-0.2710.0140.4562-0.1482-0.10030.1238-0.0235-0.07130.12350.00750.05420.6392-6.362442.7459
121.2820.20860.00971.21590.40250.9790.0501-0.05140.08720.0225-0.0037-0.0275-0.09340.0152-0.04640.05580.00120.00260.06120.01340.073713.832321.093242.3484
133.70280.65241.76514.04657.57496.34540.0460.29340.4416-1.2512-0.4810.9172-0.7809-0.32410.43490.19960.0596-0.13050.1726-0.01390.2841-7.336313.035118.254
141.44080.61470.84811.5368-0.13360.706-0.1832-0.00210.0806-0.09750.1136-0.0624-0.1303-0.06220.06960.08520.02940.01060.0630.00350.09886.531926.100632.6187
151.52210.67780.21531.78430.36381.65640.0815-0.07680.06680.0665-0.005-0.0299-0.0599-0.0008-0.07650.04440.00080.00050.03180.02660.048415.39117.716143.1199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4A66 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5A80 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6A104 - 140
7X-RAY DIFFRACTION7A141 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8A165 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9A189 - 205
10X-RAY DIFFRACTION10A206 - 236
11X-RAY DIFFRACTION11A237 - 254
12X-RAY DIFFRACTION12A255 - 309
13X-RAY DIFFRACTION13A310 - 324
14X-RAY DIFFRACTION14A325 - 352
15X-RAY DIFFRACTION15A353 - 414

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る