PDB-3r8r: Transaldolase from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r8r

タイトル

Transaldolase from Bacillus subtilis

要素

Transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / transaldolase / pentose phosphate pathway / Schiff Bases

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schneider, G. / Sandalova, T. / Samland, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Conservation of structure and mechanism within the transaldolase enzyme family.
著者: Samland, A.K. / Baier, S. / Schurmann, M. / Inoue, T. / Huf, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Sandalova, T.

履歴

登録	2011年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r8r.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r8r.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r8r_validation.pdf.gz	618.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r8r_full_validation.pdf.gz	676.1 KB	表示
XML形式データ	3r8r_validation.xml.gz	182.8 KB	表示
CIF形式データ	3r8r_validation.cif.gz	256.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r5eC 1l6wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r8r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transaldolase

B: Transaldolase

C: Transaldolase

D: Transaldolase

E: Transaldolase

F: Transaldolase

G: Transaldolase

H: Transaldolase

I: Transaldolase

J: Transaldolase

V: Transaldolase

K: Transaldolase

L: Transaldolase

M: Transaldolase

N: Transaldolase

W: Transaldolase

P: Transaldolase

R: Transaldolase

T: Transaldolase

U: Transaldolase

ヘテロ分子

463 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transaldolase

B: Transaldolase

C: Transaldolase

D: Transaldolase

E: Transaldolase

F: Transaldolase

G: Transaldolase

H: Transaldolase

I: Transaldolase

J: Transaldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

V: Transaldolase

K: Transaldolase

L: Transaldolase

M: Transaldolase

N: Transaldolase

W: Transaldolase

P: Transaldolase

R: Transaldolase

T: Transaldolase

U: Transaldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.299, 127.280, 158.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	5	A	A	1 - 212	1 - 212
2	1	MET	MET	5	B	B	1 - 212	1 - 212
3	1	MET	MET	5	U	T	1 - 212	1 - 212
4	1	MET	MET	5	T	S	1 - 212	1 - 212
5	1	MET	MET	5	E	E	1 - 212	1 - 212
6	1	MET	MET	5	F	F	1 - 212	1 - 212
7	1	MET	MET	5	G	G	1 - 212	1 - 212
8	1	MET	MET	5	H	H	1 - 212	1 - 212
9	1	MET	MET	5	I	I	1 - 212	1 - 212
10	1	MET	MET	5	R	R	1 - 212	1 - 212
11	1	MET	MET	5	K	L	1 - 212	1 - 212
12	1	MET	MET	5	L	M	1 - 212	1 - 212
13	1	MET	MET	5	M	N	1 - 212	1 - 212
14	1	MET	MET	5	W	P	1 - 212	1 - 212
15	1	MET	MET	5	V	K	1 - 212	1 - 212
1	2	HIS	HIS	2	C	C	41 - 212	41 - 212
2	2	HIS	HIS	2	D	D	41 - 212	41 - 212
3	2	HIS	HIS	2	J	J	41 - 212	41 - 212
4	2	HIS	HIS	2	N	O	41 - 212	41 - 212
5	2	HIS	HIS	2	P	Q	41 - 212	41 - 212

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transaldolase / 20 kDa phosphoprotein orfU / CSI9 分子量: 23000.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU37110, tal, ywjH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19669, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 9 詳細: 20% PEG 4K, 0.2M of Li2SO4, 20% of glycerol, 100 mM Tris/HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.092
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月13日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.092 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→69 Å / Num. obs: 441576 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L6W

1l6w

解像度: 1.9→58.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 6.34 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	22163	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.202	419370	100 %	-
all	-	419370	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→58.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31905	0	160	3397	35462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	32504
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	21248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.131	1.969	44071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.887	3	52428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.429	5	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.43	25.03	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.589	15	5728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.825	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	5366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	35709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.504	1.5	20790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.134	1.5	8513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.954	2	33540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.458	3	11714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.494	4.5	10531
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	C	1014	tight positional	0.03	0.05
2	2	D	1014	tight positional	0.02	0.05
2	3	J	1014	tight positional	0.02	0.05
2	4	N	1014	tight positional	0.02	0.05
2	5	P	1014	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1238	medium positional	0.08	0.5
1	2	B	1238	medium positional	0.13	0.5
1	3	U	1238	medium positional	0.09	0.5
1	4	T	1238	medium positional	0.13	0.5
1	5	E	1238	medium positional	0.09	0.5
1	6	F	1238	medium positional	0.1	0.5
1	7	G	1238	medium positional	0.09	0.5
1	8	H	1238	medium positional	0.18	0.5
1	9	I	1238	medium positional	0.11	0.5
1	10	R	1238	medium positional	0.14	0.5
1	11	K	1238	medium positional	0.09	0.5
1	12	L	1238	medium positional	0.14	0.5
1	13	M	1238	medium positional	0.12	0.5
1	14	W	1238	medium positional	0.1	0.5
1	15	V	1238	medium positional	0.11	0.5
2	1	C	1174	medium positional	0.02	0.5
2	2	D	1174	medium positional	0.02	0.5
2	3	J	1174	medium positional	0.02	0.5
2	4	N	1174	medium positional	0.02	0.5
2	5	P	1174	medium positional	0.02	0.5
1	1	A	1423	loose positional	0.16	5
1	2	B	1423	loose positional	0.19	5
1	3	U	1423	loose positional	0.17	5
1	4	T	1423	loose positional	0.2	5
1	5	E	1423	loose positional	0.15	5
1	6	F	1423	loose positional	0.17	5
1	7	G	1423	loose positional	0.16	5
1	8	H	1423	loose positional	0.25	5
1	9	I	1423	loose positional	0.18	5
1	10	R	1423	loose positional	0.2	5
1	11	K	1423	loose positional	0.17	5
1	12	L	1423	loose positional	0.21	5
1	13	M	1423	loose positional	0.18	5
1	14	W	1423	loose positional	0.18	5
1	15	V	1423	loose positional	0.17	5
2	1	C	1014	tight thermal	0.32	0.5
2	2	D	1014	tight thermal	0.12	0.5
2	3	J	1014	tight thermal	0.1	0.5
2	4	N	1014	tight thermal	0.09	0.5
2	5	P	1014	tight thermal	0.11	0.5
1	1	A	1238	medium thermal	0.37	2
1	2	B	1238	medium thermal	0.3	2
1	3	U	1238	medium thermal	0.46	2
1	4	T	1238	medium thermal	0.39	2
1	5	E	1238	medium thermal	0.44	2
1	6	F	1238	medium thermal	0.31	2
1	7	G	1238	medium thermal	0.48	2
1	8	H	1238	medium thermal	0.48	2
1	9	I	1238	medium thermal	0.31	2
1	10	R	1238	medium thermal	0.31	2
1	11	K	1238	medium thermal	0.35	2
1	12	L	1238	medium thermal	0.34	2
1	13	M	1238	medium thermal	0.5	2
1	14	W	1238	medium thermal	0.34	2
1	15	V	1238	medium thermal	0.4	2
2	1	C	1174	medium thermal	0.22	2
2	2	D	1174	medium thermal	0.08	2
2	3	J	1174	medium thermal	0.09	2
2	4	N	1174	medium thermal	0.07	2
2	5	P	1174	medium thermal	0.09	2
1	1	A	1423	loose thermal	0.39	10
1	2	B	1423	loose thermal	0.37	10
1	3	U	1423	loose thermal	0.45	10
1	4	T	1423	loose thermal	0.41	10
1	5	E	1423	loose thermal	0.44	10
1	6	F	1423	loose thermal	0.35	10
1	7	G	1423	loose thermal	0.44	10
1	8	H	1423	loose thermal	0.49	10
1	9	I	1423	loose thermal	0.35	10
1	10	R	1423	loose thermal	0.37	10
1	11	K	1423	loose thermal	0.35	10
1	12	L	1423	loose thermal	0.34	10
1	13	M	1423	loose thermal	0.45	10
1	14	W	1423	loose thermal	0.4	10
1	15	V	1423	loose thermal	0.42	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	1670	-
R_work	0.311	30813	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1318	-0.1089	0.1147	0.7714	-0.4979	1.0622	0.023	0.0359	-0.0981	-0.0647	0.0317	-0.0717	0.1522	0.0855	-0.0548	0.0425	0.0364	-0.0079	0.0488	-0.0398	0.1153	55.255	-25.725	-8.443
2	0.2749	-0.102	0.1955	0.73	0.1	0.2609	-0.0219	-0.0849	-0.0676	0.2774	0.0546	-0.0183	0.0073	-0.0655	-0.0326	0.1896	0.0366	-0.0415	0.0705	0.0316	0.0422	49.528	-17.777	24.889
3	0.2072	0.1656	-0.1438	1.939	-0.4164	0.245	-0.0296	-0.0758	0.0173	0.4903	0.0062	-0.1432	-0.0601	0.0037	0.0234	0.1996	0.0285	-0.0733	0.0811	-0.0223	0.0315	47.908	16.57	27.605
4	0.6313	0.0964	-0.3426	0.2757	-0.1166	0.8202	-0.0382	0.0251	0.1557	0.0331	0.0338	-0.0286	-0.1237	-0.0073	0.0043	0.0496	-0.02	-0.035	0.0383	0.0059	0.0655	52.827	29.864	-3.461
5	0.4222	0.0169	0.0075	1.2517	0.1697	0.3908	-0.0445	0.0731	-0.0395	-0.1713	0.0723	-0.1296	-0.0292	0.0844	-0.0278	0.0612	-0.043	0.0464	0.1055	-0.0259	0.0366	57.443	4.074	-26.133
6	0.574	-0.1039	0.2071	0.6742	-0.1817	0.6144	0.0538	0.0651	-0.1617	-0.0813	-0.0023	0.1717	0.0156	0.0469	-0.0514	0.0503	-0.012	-0.0505	0.0421	-0.0323	0.1141	23.256	-20.751	-23.301
7	0.2725	-0.164	0.1581	1.5089	0.4125	0.3398	-0.0472	0.0551	0.0306	-0.2791	-0.0043	0.1459	-0.094	-0.0018	0.0514	0.129	-0.0193	-0.0694	0.0705	0.0148	0.0376	23.198	13.475	-29.002
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10	0.3258	0.0642	0.2373	1.0577	0.9347	1.3764	0.0093	-0.1109	-0.1965	0.3848	-0.0073	0.2807	0.2949	-0.1313	-0.002	0.1741	-0.0271	0.1187	0.0858	0.0937	0.2549	17.4	-25.832	10.625
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15	0.8256	0.1697	-0.4964	0.1214	-0.1872	0.9056	0.0118	0.0645	0.1825	0.0287	0.0152	0.0127	-0.1427	-0.0249	-0.027	0.0507	-0.0343	-0.0174	0.0648	0.0191	0.0858	42.837	-35.715	75.627
16	0.1892	-0.1417	0.1146	1.4906	0.4466	0.3495	-0.049	0.0476	0.0395	-0.2433	-0.0003	0.1136	-0.0932	0.0018	0.0492	0.1135	-0.021	-0.0634	0.0732	0.0277	0.0409	12.449	-50.598	49.848
17	0.4923	-0.2289	-0.6025	0.1479	0.3002	1.0761	0.0396	-0.0778	0.1386	-0.0328	0.0259	-0.0024	-0.1534	0.0423	-0.0655	0.0576	0.019	-0.0218	0.0786	-0.0262	0.1595	6.948	-35.346	80.689
18	0.522	0.0018	0.0501	1.6569	0.0724	0.3579	-0.0351	-0.1276	-0.0252	0.2236	0.0105	0.1886	0.0061	-0.0857	0.0245	0.1082	0.0334	0.1054	0.1473	0.027	0.1047	2.911	-60.148	104.553
19	0.1172	0.1478	0.2765	0.7779	0.7323	1.1324	0.0549	-0.0806	-0.0813	0.2273	-0.0216	0.1693	0.1861	-0.1035	-0.0334	0.0902	-0.0336	0.0456	0.0987	0.0752	0.1912	5.32	-90.75	88.096
20	0.3488	0.0032	0.1967	0.6385	-0.2236	0.5966	0.0284	0.0474	-0.0691	-0.0756	0.0482	0.0917	0.0109	0.0466	-0.0765	0.0571	-0.022	-0.0518	0.047	-0.0103	0.0737	11.318	-84.938	54.371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	V	1 - 212
12	X-RAY DIFFRACTION	12	K	1 - 212
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	1 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	M	1 - 212
15	X-RAY DIFFRACTION	15	N	1 - 212
16	X-RAY DIFFRACTION	16	W	1 - 212
17	X-RAY DIFFRACTION	17	P	1 - 212
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	1 - 212
19	X-RAY DIFFRACTION	19	T	1 - 212
20	X-RAY DIFFRACTION	20	U	1 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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