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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r8d | ||||||
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タイトル | Activation of the Human Nuclear Xenobiotic Receptor PXR by the Reverse Transcriptase-Targeted Anti-HIV Drug PNU-142721 | ||||||
要素 | Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / nuclear receptor (核内受容体) / PXR / xenobiotic (生体異物) / ligand binding domain (リガンド) / Transcription regulation / xenobiotics (生体異物) / endobiotics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, Y. / Redinbo, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011 タイトル: Activation of the human nuclear xenobiotic receptor PXR by the reverse transcriptase-targeted anti-HIV drug PNU-142721. 著者: Cheng, Y. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r8d.cif.gz | 67.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r8d.ent.gz | 48.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36280.867 Da / 分子数: 1 / 断片: PXR Ligand binding domain (residues 130-434) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75469, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PNU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM imidazole, 16% 2-propanol (v/v), pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→46 Å / Num. all: 8973 / Num. obs: 8944 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.84 Å / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→41.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.452 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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