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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r6y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of chymotrypsin-treated aspartase from Bacillus sp. YM55-1 | ||||||
要素 | Aspartase | ||||||
キーワード | LYASE / aspartase / aspartate ammonia lyase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / aspartate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Fibriansah, G. / Puthan Veetil, V. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.-M.W.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of aspartate ammonia lyase. 著者: Fibriansah, G. / Veetil, V.P. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r6y.cif.gz | 572 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r6y.ent.gz | 475.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3r6y_validation.pdf.gz | 491.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3r6y_full_validation.pdf.gz | 544.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3r6y_validation.xml.gz | 106.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3r6y_validation.cif.gz | 143 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44277.473 Da / 分子数: 8 断片: N-terminal and Central helix domains (UNP residues 1-401) 由来タイプ: 組換発現 詳細: After purification, the protein was treated with chymotrypsin 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: YM55-1 / 遺伝子: aspB / プラスミド: pBAD/Myc-His A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9LCC6, aspartate ammonia-lyase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE PROTEIN WAS TREATED WITH CHYMOTRYPSIN AFTER PURIFICATION. THIS CLEAVED PROTEIN WAS THEN USED ...THE PROTEIN WAS TREATED WITH CHYMOTRYPS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 40% PEG400, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond (111)and Ge (220) crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→149.071 Å / Num. all: 68562 / Num. obs: 68562 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J3U 解像度: 3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.533 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.96 Å2 / Biso mean: 67.3442 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
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