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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r6a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an uncharacterized protein (hypothetical protein MM_3218) from Methanosarcina mazei. | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | isomerase (異性化酵素) / lyase (リアーゼ) / PSI biology / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / New York Structural Genomics Research Consortium / Putative glyoxalase I / isomerase activity (異性化酵素) / NYSGRC | ||||||
機能・相同性 | lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta / 酢酸塩 / Conserved protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Eswaramoorthy, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein (hypothetical protein MM_3218) from Methanosarcina mazei. 著者: Eswaramoorthy, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r6a.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r6a.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16765.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属) 株: Go1 / 遺伝子: Glo_EDI_BRP_like, MM_3218 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8PS64, lactoylglutathione lyase #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.1M ammonium sulfate; 0.1M Na acetate; Trehalose dihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→49.88 Å / Num. all: 32561 / Num. obs: 32561 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.5 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Num. unique all: 2536 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→43.82 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→43.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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