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- PDB-3r5c: Pseudomonas aeruginosa DapD (PA3666) in complex with CoA and succinate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5c
タイトルPseudomonas aeruginosa DapD (PA3666) in complex with CoA and succinate
要素Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, gammaproteobacteria / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Trimeric LpxA-like enzymes / Alpha-Beta Plaits - #2010 / Type 2 tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase family / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase middle / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, gammaproteobacteria / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Trimeric LpxA-like enzymes / Alpha-Beta Plaits - #2010 / Type 2 tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase family / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase middle / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / SUCCINIC ACID / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sandalova, T. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase and dihydrodipicolinate synthase from Pseudomonas aeruginosa: structure analysis and gene deletion.
著者: Schnell, R. / Oehlmann, W. / Sandalova, T. / Braun, Y. / Huck, C. / Maringer, M. / Singh, M. / Schneider, G.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Structure summary
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
B: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
C: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5229
ポリマ－108,8653
非ポリマー2,6576
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area36940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.282, 123.282, 198.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 352
2112B - A1 - 352
3112C1 - 352

-
要素

#1: タンパク質 Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase / Tetrahydrodipicolinate succinylase


分子量: 36288.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: dapD, PA3666 / プラスミド: pET28a (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Z9H2, UniProt: G3XD76*PLUS, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 19-20% of PEG3350, 0.3-0.4M succinate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→66 Å / Num. all: 60616 / Num. obs: 60616 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8713 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: polyAla model of 2RIJ.pdb

2rij


解像度: 2.4→53.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 6.981 / SU ML: 0.166 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26748 3101 5.1 %RANDOM
Rwork0.22454 ---
all0.22627 57431 --
obs0.22671 57431 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7459 0 168 143 7770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.99910534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8873.00212299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46851004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.74524.897292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83151248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.4621536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5791.54981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1421.52080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11427921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64432768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8244.52613
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1956tight positional0.20.05
B1956tight positional0.140.05
C1956tight positional0.170.05
A2233medium positional0.360.5
B2233medium positional0.320.5
C2233medium positional0.310.5
A1956tight thermal0.570.5
B1956tight thermal0.740.5
C1956tight thermal0.980.5
A2233medium thermal0.582
B2233medium thermal0.662
C2233medium thermal0.842
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 217 -
Rwork0.297 4196 -
obs-57431 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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