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万見
- PDB-3r4v: Structure of the phage tubulin PhuZ-GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r4v
タイトルStructure of the phage tubulin PhuZ-GDP
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Tubulin
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phage tubulin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Agard, D.A. / Pogliano, J. / Kraemer, J.A. / Erb, M.L. / Waddling, C.A. / Montabana, E.A. / Wang, H. / Nguyen, K. / Pham, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: A phage tubulin assembles dynamic filaments by an atypical mechanism to center viral DNA within the host cell.
著者: Kraemer, J.A. / Erb, M.L. / Waddling, C.A. / Montabana, E.A. / Zehr, E.A. / Wang, H. / Nguyen, K. / Pham, D.S. / Agard, D.A. / Pogliano, J.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1273
ポリマ－34,6601
非ポリマー4682
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.065, 75.935, 92.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 34659.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) / 参照: UniProt: B3FK34
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.5M Ammonium Acetate, 0.05M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115889 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月29日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.433→58.768 Å / Num. all: 54954 / Num. obs: 45554 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 24.878 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 6.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet model solved using MAD

解像度: 1.67→46.399 Å / SU ML: 0.26
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS refinement with ten groups
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 1701 4.39 %random
Rwork0.1861 ---
obs0.1881 37046 98.34 %-
all-38747 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.62 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3061 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0888 Å20 Å2
3---0.7827 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→46.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 0 29 271 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0643578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.536997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004468
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.67-1.72970.42191490.47093238323888
1.7297-1.7990.41951680.38673671367199
1.799-1.88080.32021710.28537173717100
1.8808-1.980.25861670.23953657365798
1.98-2.1040.26851690.196336963696100
2.104-2.26650.24241700.19083718371899
2.2665-2.49460.20931730.167237563756100
2.4946-2.85550.24321730.17437693769100
2.8555-3.59740.23591760.179338303830100
3.5974-46.41690.18261820.147439663966100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1173-1.6127-0.49641.3719-0.00081.2566-0.5299-0.5204-0.74440.66540.21470.25720.5587-0.00940.28770.40610.06440.16870.15720.08390.3149-3.2728-5.5711-2.195
21.269-0.7904-0.05740.97180.21370.5913-0.6511-0.4966-0.9590.95880.23190.83240.7162-0.31210.40970.61950.07610.40290.28820.14880.5371-12.6878-4.1553.2019
31.0859-0.0127-0.49671.1469-0.17430.4257-0.3677-0.4997-0.1760.67940.24270.2723-0.1846-0.024-0.02990.38960.11410.11450.2868-0.00510.1536-9.818510.00643.7476
41.3884-0.681-0.62661.8517-0.12162.0255-0.16280.061-0.1290.29360.12210.1639-0.0467-0.04860.04550.1640.00430.03580.1051-0.020.1158-4.31868.7132-9.443
53.17811.22240.45041.53341.81052.5907-0.42810.5071-0.948-0.1014-0.10820.61740.456-0.37340.21610.3274-0.1060.05560.2453-0.18370.4107-10.5459-5.8913-18.0343
61.7218-0.209-1.26532.4274-0.15331.5986-0.2313-0.0337-0.09830.04590.0766-0.45640.19540.35590.11280.1394-0.00150.01020.2101-0.02620.21410.87462.6023-15.3157
71.0284-0.9498-0.23661.732-0.32871.7579-0.524-0.0022-0.39-0.16320.0965-0.8310.36870.28820.33890.2390.04350.19850.25760.02530.528416.9502-4.8295-20.146
81.4675-0.4069-0.24052.0974-0.62560.998-0.61-0.3769-0.73360.09720.44980.16960.54480.20060.2650.36250.10940.19090.23550.05760.41219.2149-9.0946-16.6464
90.70051.0905-0.12591.9201-0.4091.1768-0.16720.47010.3583-0.02390.23080.39820.0099-0.2414-0.08830.1262-0.0451-00.27760.04110.1656-15.197413.7919-24.6332
101.5587-0.1462-0.34862.8373-1.1592.12340.16940.05550.43920.54220.0456-0.1706-0.42490.0258-0.19890.2593-0.01090.03940.13520.00080.175-50.363621.0077-12.4665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:28)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 29:51)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 52:80)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 81:156)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 157:171)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 172:228)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 229:255)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 256:270)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 271:294)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 295:315)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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