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- PDB-3r3r: Structure of the YrdA ferripyochelin binding protein from Salmone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r3r
タイトルStructure of the YrdA ferripyochelin binding protein from Salmonella enterica
要素ferripyochelin binding protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / all beta protein / single-stranded left-handed beta-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the YrdA ferripyochelin binding protein from Salmonella enterica
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferripyochelin binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3572
ポリマ－20,2921
非ポリマー651
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ferripyochelin binding protein
ヘテロ分子

A: ferripyochelin binding protein
ヘテロ分子

A: ferripyochelin binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0726
ポリマ－60,8763
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.43, 99.43, 46.66
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-388-

HOH

21A-409-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ferripyochelin binding protein


分子量: 20292.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: yrdA, STM3399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8ZLN3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 700 mM sodium citrate, 10 mM magnesium chloride, 50 mM HEPES, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 53953 / Num. obs: 53413 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 13.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique all% possible all
1.2-1.247.50.5832.8499192.1
1.24-1.2911.50.4685.2532298.5
1.29-1.35160.3978.75359100
1.35-1.4218.90.30711.95419100
1.42-1.5119.80.20417.75374100
1.51-1.63200.134255380100
1.63-1.7920.10.10928.35405100
1.79-2.0520.10.09529.55386100
2.05-2.5920.10.07734.15406100
2.59-5019.50.0646.8537199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→31.64 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.44 / σ(I): 2.8 / 位相誤差: 14.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16 2670 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.139 53379 99 %-
all-53935 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.488 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 83.3 Å2 / Biso mean: 19.97 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---4.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→31.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 0 1 366 1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.342072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.165576
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.2-1.240.30922480.288547394987498791.9
1.24-1.290.25332620.220550595321532198.4
1.29-1.350.19692660.1665510853745374100
1.35-1.420.17032690.1364513154005400100
1.42-1.510.1472670.1159510653735373100
1.51-1.630.14362710.1055509853695369100
1.63-1.790.14912710.1165513654075407100
1.79-2.050.13822680.127851195387538799.9
2.05-2.580.16112730.1357513254055405100
2.58-31.650.15162750.136250815356535699.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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