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万見
- PDB-3r34: Crystal structure of Arthrobacter sp. strain SU 4-hydroxybenzoyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r34
タイトルCrystal structure of Arthrobacter sp. strain SU 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase mutant E73D complexed with CoA
要素4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
キーワードHYDROLASE / THIOESTERASE / HOTDOG-fold / 4-Hydroxybenzoyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / peroxisome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Holden, H.M. / Thoden, J.B. / Song, F. / Zhuang, Z. / Trujillo, M. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: The Catalytic Mechanism of the Hotdog-fold Enzyme Superfamily 4-Hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase from Arthrobacter sp. Strain SU.
著者: Song, F. / Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Latham, J. / Trujillo, M. / Holden, H.M. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2011年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年9月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4025
ポリマ－32,8052
非ポリマー1,5973
水4,035224
1
A: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,80410
ポリマ－65,6104
非ポリマー3,1946
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area14740 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.700, 112.700, 59.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-HBA-CoA thioesterase


分子量: 16402.402 Da / 分子数: 2 / 変異: E73D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 遺伝子: fcbC, fcbC1 / プラスミド: pET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q04416, 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3400, 200 mM LiCl, 100 mM MOPS, 1 mM 4-Hydroxybenzoyl-CoA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年9月8日 / 詳細: goebel mirrors
放射モノクロメーター: ni-filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 37116 / Num. obs: 37116 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2243 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FRAMBOデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q4S

1q4s


解像度: 1.8→97.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.592 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 1960 5 %RANDOM
Rwork0.18954 ---
all0.19095 33116 --
obs0.19095 37116 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.032 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0.57 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→97.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 100 224 2465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1211.9773151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6845279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18222.475101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76615339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3161522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6821.51395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54622245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0843911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9164.5906
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 114 -
Rwork0.331 2243 -
obs--78.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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