PDB-3r2w: Crystal Structure of UDP-glucose Pyrophosphorylase of Homo Sapiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r2w

タイトル

Crystal Structure of UDP-glucose Pyrophosphorylase of Homo Sapiens

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Homo sapiens / Rossmann Fold Beta Barrel / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine ribonucleotide binding / glucose 1-phosphate metabolic process / Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / D-glucose binding / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / Glycogen synthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Zheng, X. / Yu, Q.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of human UDP-glucose pyrophosphorylase reveals a latch effect that influences enzymatic activity.
著者: Yu, Q. / Zheng, X.

履歴

登録	2011年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Database references
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r2w.cif.gz	695.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r2w.ent.gz	584.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2w	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4r7p-1 2i5k-1 0488 4ln3-d 20605 4ln4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

237 kDa, 4 ポリマー
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1

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
473 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.445, 140.445, 311.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / UGPase 分子量: 59184.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGP2, UGP1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) 参照: UniProt: Q16851, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

#1: タンパク質

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / UGPase

分子量: 59184.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGP2, UGP1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q16851, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MgSO4, 35.8% PEG3350, glycerol, HEPES, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月15日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→120 Å / Num. all: 39283 / Num. obs: 39283 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.6→3.69 Å / % possible all: 64.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 79.886 / SU ML: 0.542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.695 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3038	1985	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2475	37298	-	-
obs	0.2502	39283	93.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.77 Å² / B_iso mean: 144.356 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.72 Å²	2.36 Å²	0 Å²
2-	-	4.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13938	0	0	0	13938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	14181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.968	19301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.032	5	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.341	24.828	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.049	15	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.929	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.468	1.5	9193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.9	2	14783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.071	3	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.946	4.5	4518

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	80	-
R_work	0.368	1558	-
all	-	1638	-
obs	-	-	55.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7885	-0.3832	0.1593	0.8853	0.3376	0.538	-0.0468	-0.237	0.108	0.3278	0.0664	0.2411	-0.1427	-0.374	-0.0195	0.9006	0.1432	-0.0101	1.1487	-0.0569	1.0677	-75.9602	24.9223	2.2724
2	4.3669	-0.2437	0.8482	2.2398	0.8639	4.0348	-0.3383	-0.1448	-0.0615	0.3668	0.3074	-0.1339	0.1639	-0.2512	0.0309	0.5462	0.1413	-0.1258	0.8005	-0.0144	0.4996	-55.5917	20.4421	-4.1011
3	0.1993	0.661	-0.5182	38.6744	-32.1476	26.7359	-0.1837	0.2414	-0.8079	3.0566	0.2365	-0.1704	-2.6003	-0.2647	-0.0528	0.9053	-0.5992	0.5378	1.6321	-0.6726	3.5629	-81.0701	3.6834	-1.0702
4	4.106	2.4855	-0.8264	5.8281	-1.7863	4.1794	-0.0367	-0.3711	0.5477	0.3916	0.0383	0.1624	-0.5577	-0.8536	-0.0016	0.4665	0.3063	-0.1438	0.8252	-0.1152	0.737	-63.5995	28.9473	0.7872
5	2.5188	-1.1299	-2.0341	1.726	-1.6427	7.3825	0.1544	0.4055	0.4772	0.0405	0.1559	-0.0387	-0.1468	-0.8039	-0.3103	0.7192	0.3283	-0.1292	0.8842	-0.0077	1.0278	-74.0842	38.3612	-8.5678
6	2.3834	1.3424	0.4514	2.8179	-1.0975	1.1296	-0.2368	-0.1298	0.059	-0.3026	0.2832	0.3951	-0.0471	-0.6485	-0.0464	0.7141	0.3123	-0.1319	1.1427	-0.1171	0.9361	-76.7416	29.6251	-6.3441
7	6.7227	0.2583	-0.1215	1.1318	1.093	5.2124	0.0313	0.1329	0.3172	0.1351	-0.1211	-0.3107	-0.5901	0.1046	0.0898	0.4155	0.0593	-0.1729	0.8455	-0.008	0.4484	-56.4685	23.1425	-25.6704
8	5.1489	-1.5347	3.8779	4.93	2.9188	6.7385	-0.2842	-0.2142	0.4534	0.0964	0.0431	-0.465	-0.1729	-0.1752	0.2411	0.3354	0.0133	-0.0092	0.8274	0.0131	0.4448	-56.6129	19.777	-36.3942
9	12.6762	2.0398	2.5575	3.6199	-2.0924	4.2954	0.0433	0.4737	-0.5161	-0.2223	0.0631	-0.4314	0.3991	0.0712	-0.1064	0.3958	0.0808	0.0872	0.7804	-0.1223	0.6316	-55.1233	12.7857	-41.0361
10	8.2687	-7.31	1.8058	16.8053	-0.8025	1.556	-0.3707	-0.0053	-0.204	0.6912	0.0992	-0.2259	0.2004	-0.1011	0.2714	0.4822	0.0179	0.0962	0.6823	-0.0049	0.5681	-54.2198	10.2505	-43.6731
11	4.6764	0.454	0.791	4.9871	1.7985	2.5653	-0.1738	0.056	0.0352	-0.5375	0.2844	-0.0655	-0.1102	-0.3232	-0.1106	0.8746	-0.1382	-0.0477	1.3621	0.0314	0.7879	-32.0823	0.1865	-102.2818
12	2.5654	-0.1285	0.2444	2.9549	-0.3381	2.0502	0.0316	0.0372	0.2271	-0.0507	0.0268	-0.1302	-0.0344	-0.0271	-0.0585	0.2233	-0.0829	-0.0002	0.9006	0.1331	0.6446	-20.2957	16.2033	-73.1976
13	6.9391	2.7113	2.6235	4.1344	1.8135	2.1909	-0.2234	0.481	-0.2059	-0.3892	0.1841	-0.0212	-0.1577	-0.0166	0.0392	0.6261	-0.0247	0.0072	0.9536	0.2024	0.4893	-27.3036	15.172	-88.4027
14	3.7223	2.3571	-0.5551	3.8135	-1.1058	3.3014	0.0708	0.0905	-0.1431	-0.2145	-0.0107	-0.0574	-0.0079	0.1669	-0.0601	0.1436	-0.0394	0.003	0.9876	0.0351	0.646	-12.3877	11.0079	-73.6235
15	0.9941	0.0586	1.0555	2.3683	0.3578	1.5215	0.1764	0.1656	-0.4782	-0.4059	-0.0395	0.4716	0.5843	0.0898	-0.1369	0.6487	-0.0677	0.1565	1.0644	0.0294	1.0345	-20.7452	-3.4121	-78.2479
16	3.0048	-2.6419	1.4172	3.5194	0.4071	3.2183	0.2632	0.1799	-0.2885	-0.259	0.0291	0.076	0.267	-0.0833	-0.2923	0.3182	-0.1959	0.0845	1.0445	0.2597	0.725	-24.9442	1.6924	-80.0525
17	5.9009	-0.1473	-0.7869	5.0534	0.5826	3.7347	-0.1936	-0.202	-0.0742	0.2878	-0.0165	-0.1492	-0.253	0.2525	0.2102	0.2426	-0.0136	-0.0055	0.8282	0.1309	0.6386	-35.2453	14.2296	-59.1529
18	5.8571	0.3879	0.6839	7.2631	1.876	7.2526	-0.3264	0.0221	0.381	-0.3973	0.0852	-0.0115	0.1956	-0.0485	0.2413	0.2481	0.0109	0.1501	0.7394	0.1363	0.5219	-45.7833	10.5363	-51.9011
19	10.9168	4.9654	8.2567	2.2604	3.7617	6.268	-0.24	0.3138	0.4127	-0.0765	0.0312	0.1648	-0.1412	0.0752	0.2088	0.502	0.0857	0.1412	1.1557	0.1375	0.98	-43.2919	13.3618	-44.091
20	9.3857	-9.3521	0.3952	9.4567	0.0913	4.3313	0.4101	0.7265	0.4651	-0.6362	-0.5654	-0.499	-0.3423	0.4768	0.1553	0.4922	-0.1217	0.0505	0.72	0.0335	0.7944	-56.22	13.9174	-48.8632
21	0.9197	2.555	0.0059	7.1692	0.0168	0.0029	-0.2809	-0.0297	0.1353	-0.561	0.2194	0.4044	-0.0091	0.0068	0.0615	1.5921	0.0669	0.0691	2.0733	0.0555	1.6108	-52.7245	56.8263	-80.5816
22	1.68	0.5561	0.589	1.1167	0.1016	1.0186	-0.0511	-0.1901	0.5012	-0.1933	0.2014	-0.2289	-0.6878	0.0175	-0.1504	1.0383	0.0026	-0.0194	0.9801	0.1598	1.2388	-70.9167	54.3741	-53.0073
23	0.2365	0.2727	0.5236	1.8717	1.1387	2.132	0.1034	0.2072	0.2525	-0.3917	-0.3057	-0.259	-0.2893	-0.2477	0.2023	1.1983	0.1307	-0.0075	1.0566	0.3159	1.2938	-73.5959	53.3587	-65.7439
24	6.4907	0.838	0.557	0.215	0.1559	0.1557	0.0747	0.598	0.5484	-0.1458	0.0465	-0.2706	-0.3318	0.0969	-0.1211	1.4415	-0.0032	-0.03	1.2196	0.1946	1.3679	-67.8585	60.6219	-59.7831
25	0.7482	1.642	0.2793	4.0633	0.3907	2.3075	0.1431	-0.1089	0.0485	-0.2715	-0.3405	-0.2222	-0.7348	0.3178	0.1974	1.3093	-0.022	0.0612	1.0344	-0.0353	1.3451	-64.8684	57.7776	-42.6365
26	1.6581	0.5644	-1.0973	0.912	0.0742	1.2221	0.1729	-0.0857	0.0146	-0.2077	-0.0999	-0.0166	-0.0728	0.439	-0.073	1.1468	-0.0435	-0.0974	1.1172	0.0512	1.4261	-54.6811	52.4977	-52.7675
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37	3.1354	2.1092	0.1894	3.4168	0.6427	1.1	-0.0463	-0.0637	0.27	-0.1448	0.1236	0.2408	-0.0316	-0.1748	-0.0773	0.3273	0.0428	-0.0212	0.8939	0.1802	0.4849	-104.0716	-3.021	-36.5677
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39	3.6474	-2.7606	-2.5522	7.8477	1.7943	1.8036	-0.2122	0.1423	-0.1546	-0.8623	0.0435	0.2364	0.092	-0.0915	0.1687	0.7113	-0.0648	-0.1402	0.7975	0.184	0.8098	-89.1974	13.4328	-44.043
40	7.5764	1.0238	-0.6212	2.9644	0.5388	0.1939	0.0486	-0.1682	-0.3625	0.1715	-0.0052	-0.3122	0.0802	0	-0.0435	0.5044	0.0219	0.0511	0.6059	0.0944	0.7663	-77.847	9.9675	-42.0059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	207 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	267 - 308
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	309 - 391
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	392 - 448
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	449 - 481
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	482 - 495
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	496 - 497
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	18 - 67
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	76 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	170 - 241
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	242 - 286
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	287 - 357
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	358 - 391
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	392 - 451
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	452 - 489
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	490 - 496
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	497 - 498
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	26 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	51 - 153
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	154 - 189
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	219 - 254
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	255 - 299
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	300 - 373
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	374 - 424
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	425 - 481
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	482 - 494
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	495 - 497
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	22 - 68
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	76 - 144
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	145 - 193
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	216 - 285
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	286 - 322
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	323 - 376
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	377 - 445
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	446 - 487
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	488 - 496
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	497 - 498

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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