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- PDB-3r2q: Crystal Structure Analysis of yibF from E. Coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2q
タイトルCrystal Structure Analysis of yibF from E. Coli
要素Uncharacterized GST-like protein yibF
キーワードTRANSFERASE / glutathione / GST
機能・相同性
機能・相同性情報


maleylacetoacetate isomerase activity / L-phenylalanine catabolic process / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / PHOSPHATE ION / Uncharacterized GST-like protein YibF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Harp, J. / Schaab, M. / Stournan, N.V. / Armstrong, R.N.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural and Functional Genomics of YibF, a Glutathione Transferase Homologue from Escherichia coli
著者: Ladner, J.E. / Stournan, N.V. / Branch, M.C. / Harp, J. / Schaab, M. / Brown, D.W. / Armstrong, R.N.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized GST-like protein yibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1115
ポリマ－22,5851
非ポリマー5264
水5,062281
1
A: Uncharacterized GST-like protein yibF
ヘテロ分子

A: Uncharacterized GST-like protein yibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,22310
ポリマ－45,1702
非ポリマー1,0538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_455-x-3/4,-z+1/4,-y+1/41
Buried area6110 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.340, 111.340, 111.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1089-

HOH

21A-1186-

HOH

31A-1243-

HOH

41A-1248-

HOH

51A-1251-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized GST-like protein yibF


分子量: 22585.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3592, JW3565, yibF / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ACA1
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 5 microL protein in 50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT, 4 microL reservoir (0.1M Na acetate pH 4.6,1M ammonium phosphate monobasic), 1 microL 100mM glutathione pH 7.0, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 107437 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å9.96 Å
Translation3 Å9.96 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
ARP/wARPモデル構築
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.05→26 Å / Num. parameters: 18731 / Num. restraintsaints: 25172 / Redundancy reflection obs: 102007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT, FINAL REFINEMENT WITH RIDING HYDROGENS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1528 5366 5 %RANDOM
all0.1317 ---
obs-107373 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 16.7281 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 1584 / Occupancy sum non hydrogen: 1876.55
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1587 0 33 281 1901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0268
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.099
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.213
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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