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- PDB-3r25: Crystal structure of enolase superfamily member from Vibrionales ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r25
タイトルCrystal structure of enolase superfamily member from Vibrionales bacterium complexed with Mg and Glycerol in the active site
要素mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
キーワードISOMERASE / enolase fold / dehydratase / Mg / acid sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galactonate dehydratase family member VSWAT3_13707
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrionales bacterium SWAT-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.603 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of enolase superfamily member from VIBRIONALES BACTERIUM complexed with Mg and Glycerol in the active site
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
E: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
F: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
G: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
H: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,21526
ポリマ－363,2358
非ポリマー98018
水32,9131827
1
A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0667
ポリマ－90,8092
非ポリマー2575
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
2
C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0667
ポリマ－90,8092
非ポリマー2575
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area28840 Å2
手法PISA
3
E: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
F: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0426
ポリマ－90,8092
非ポリマー2334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area29050 Å2
手法PISA
4
G: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
H: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0426
ポリマ－90,8092
非ポリマー2334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
5
B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
E: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
G: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,13214
ポリマ－181,6184
非ポリマー51410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area58160 Å2
手法PISA
6
A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
F: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
H: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,08312
ポリマ－181,6184
非ポリマー4668
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area57870 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52120 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area85710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.986, 211.516, 211.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme


分子量: 45404.395 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrionales bacterium SWAT-3 (バクテリア)
遺伝子: VSWAT3_13707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5KUH4
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.5 M magnesium formate, 0.1 M bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-l,-k / Fraction: 0.262
反射解像度: 1.603→39.036 Å / Num. all: 477578 / Num. obs: 477578 / % possible obs: 98.04 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.603→39.036 Å / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1859 2200 0.52 %
Rwork0.1614 --
obs0.1623 419783 86.17 %
all-477578 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.846 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7573 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.5258 Å2-0 Å2
3----0.2315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.603→39.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25254 0 58 1827 27139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00626107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9835520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8959553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6039-1.6440.4338960.440319848X-RAY DIFFRACTION58
1.644-1.68840.39841120.379823599X-RAY DIFFRACTION68
1.6884-1.73810.37251200.33625000X-RAY DIFFRACTION72
1.7381-1.79420.30661270.299426512X-RAY DIFFRACTION77
1.7942-1.85820.28441320.267327565X-RAY DIFFRACTION80
1.8582-1.93260.25641400.240829118X-RAY DIFFRACTION84
1.9326-2.02050.22621470.218530881X-RAY DIFFRACTION89
2.0205-2.12690.22641540.194732163X-RAY DIFFRACTION93
2.1269-2.260.23321560.179232652X-RAY DIFFRACTION94
2.26-2.43430.1961600.172433246X-RAY DIFFRACTION96
2.4343-2.67890.22161610.16733690X-RAY DIFFRACTION97
2.6789-3.06550.17091640.156934154X-RAY DIFFRACTION98
3.0655-3.85850.14071640.119834501X-RAY DIFFRACTION99
3.8585-21.31760.12321670.099934589X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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