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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r1x | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae | |||||||||
要素 | 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase / 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase / 2-keto-3-deoxygalactonate kinase / DeLey-Doudoroff pathway | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.093 Å | |||||||||
データ登録者 | Michalska, K. / Cuff, M.E. / Tesar, C. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Structure of 2-oxo-3-deoxygalactonate kinase from Klebsiella pneumoniae. 著者: Michalska, K. / Cuff, M.E. / Tesar, C. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r1x.cif.gz | 478.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r1x.ent.gz | 417.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3r1x_validation.pdf.gz | 477.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3r1x_full_validation.pdf.gz | 490.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3r1x_validation.xml.gz | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3r1x_validation.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31673.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: dgoK, KPN78578_40560, KPN_04097 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: A6TFZ6, 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15%(w/v) PEG3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792064 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792064 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.093→50 Å / Num. all: 95105 / Num. obs: 94834 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.093→2.14 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4700 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.093→35.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.316 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.093→35.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.093→2.147 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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