PDB-3r0h: Structure of INAD PDZ45 in complex with NG2 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r0h

タイトル

Structure of INAD PDZ45 in complex with NG2 peptide

要素

Inactivation-no-after-potential D protein
NG2

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / protein-protein complex / PDZ domain

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / cellular response to light stimulus / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wei, Z. / Liu, W. / Zhang, M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The INAD scaffold is a dynamic, redox-regulated modulator of signaling in the Drosophila eye
著者: Liu, W. / Wen, W. / Wei, Z. / Yu, J. / Ye, F. / Liu, C.-H. / Hardie, R.C. / Zhang, M.

履歴

登録	2011年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r0h.cif.gz	643.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r0h.ent.gz	536.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r0h_validation.pdf.gz	553.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r0h_full_validation.pdf.gz	575.4 KB	表示
XML形式データ	3r0h_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	3r0h_validation.cif.gz	79.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2la8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nnl-1 1xk5-d 2vyt-2 3ove-2 1bm2-2 2yp0-d 2b3s-2 6edk-d 3n7y-1 5u8k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inactivation-no-after-potential D protein

a: NG2

B: Inactivation-no-after-potential D protein

b: NG2

C: Inactivation-no-after-potential D protein

c: NG2

D: Inactivation-no-after-potential D protein

d: NG2

E: Inactivation-no-after-potential D protein

e: NG2

F: Inactivation-no-after-potential D protein

f: NG2

G: Inactivation-no-after-potential D protein

g: NG2

H: Inactivation-no-after-potential D protein

h: NG2

ヘテロ分子

190 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Inactivation-no-after-potential D protein

a: NG2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Inactivation-no-after-potential D protein

b: NG2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Inactivation-no-after-potential D protein

c: NG2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Inactivation-no-after-potential D protein

d: NG2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Inactivation-no-after-potential D protein

e: NG2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Inactivation-no-after-potential D protein

f: NG2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 2 ポリマー
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7

G: Inactivation-no-after-potential D protein

g: NG2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 2 ポリマー
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8

H: Inactivation-no-after-potential D protein

h: NG2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.079, 134.988, 215.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 ABCDEFGHabcdefgh

#1: タンパク質	Inactivation-no-after-potential D protein / INAD 分子量: 22507.174 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 473-674 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3504, inaD / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24008
#2: タンパク質・ペプチド	NG2 分子量: 1107.242 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Ng2 peptide is synthesized by a company

#1: タンパク質

Inactivation-no-after-potential D protein / INAD

分子量: 22507.174 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 473-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3504, inaD / プラスミド: pET32a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24008

#2: タンパク質・ペプチド

NG2

分子量: 1107.242 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Ng2 peptide is synthesized by a company

-
非ポリマー , 4種, 165分子

#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 % / Mosaicity: 0.268 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4M ammonium sulfate, Bicine buffer, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	A1	1	0.9789
シンクロトロン	CHESS	A1	2	0.9789

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2009年3月22日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2009年3月22日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 66155 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	5	0.571	3240	1.038	1,2	99.3
2.64-2.69	5	0.502	3271	0.964	1,2	99.3
2.69-2.74	5	0.436	3254	0.974	1,2	99.3
2.74-2.8	5.1	0.378	3300	1.001	1,2	99.5
2.8-2.86	5	0.321	3226	1.01	1,2	99.5
2.86-2.93	5.1	0.266	3339	1.053	1,2	99.4
2.93-3	5	0.217	3250	1.048	1,2	99.4
3-3.08	5	0.182	3305	1.098	1,2	99.6
3.08-3.17	5.1	0.151	3284	1.169	1,2	99.7
3.17-3.28	5	0.118	3287	1.149	1,2	99.5
3.28-3.39	5	0.101	3300	1.168	1,2	99.7
3.39-3.53	5	0.089	3303	1.108	1,2	99.7
3.53-3.69	5	0.074	3336	1.141	1,2	99.7
3.69-3.88	5	0.066	3311	1.175	1,2	99.7
3.88-4.13	5	0.061	3331	1.047	1,2	99.6
4.13-4.45	5	0.054	3329	0.993	1,2	99.5
4.45-4.89	5	0.053	3363	1.04	1,2	99.2
4.89-5.6	4.9	0.054	3358	1.094	1,2	98.7
5.6-7.05	4.9	0.054	3349	0.929	1,2	98
7.05-50	4.7	0.052	3419	1.021	1,2	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.094 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	3349	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.2016	66008	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.78 Å² / B_iso mean: 49.512 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12657	0	65	155	12877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	12957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.349	1.981	17548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.502	5	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.251	25.128	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.91	15	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.254	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.748	2	8186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.044	3	13276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.98	4	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.105	6	4272

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	239	-
R_work	0.301	4507	-
all	-	4746	-
obs	-	-	99.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4797	-0.9481	0.9463	3.1494	-1.5874	3.1314	0.2594	0.0867	-0.2001	-0.5491	0.3858	1.0217	0.135	-0.2541	-0.6452	0.1257	-0.0464	-0.2265	0.0961	0.1155	0.6347	-30.6869	5.0299	-13.671
2	2.0549	1.048	-0.6398	1.9666	-1.4843	2.766	0.2456	-0.1703	0.1473	0.3707	0.2244	0.7611	-0.0151	-0.2179	-0.47	0.1205	0.0511	0.1674	0.1619	0.1004	0.5734	-30.5351	-6.2023	13.2088
3	1.8071	0.6534	0.044	5.9812	-1.0798	2.6628	-0.0343	0.1726	0.0488	-0.0313	-0.1279	-0.2756	-0.2648	0.2834	0.1623	0.0327	-0.0444	-0.0104	0.1334	0.0137	0.0314	1.9183	14.7305	-4.8655
4	1.9793	-0.9555	0.0713	5.5978	-1.0373	2.2499	0.0451	-0.1257	-0.1778	0.082	-0.1108	-0.2129	0.1563	0.268	0.0657	0.0197	0.0245	-0.0078	0.1396	0.0075	0.0473	3.2295	-12.8105	5.2325
5	3.5434	-1.3907	0.913	2.1171	-0.9112	3.023	0.2087	0.1205	-0.2034	-0.0858	-0.0441	-0.0407	-0.3635	0.1288	-0.1647	0.1848	0.0442	-0.0648	0.1661	-0.0554	0.0881	-29.437	36.2055	-36.4198
6	3.3744	1.8363	-0.7098	2.5998	-0.9852	3.3497	0.1954	-0.2424	0.1239	0.1382	-0.0443	-0.0981	0.3965	0.1226	-0.1511	0.225	-0.0093	0.0832	0.241	-0.0374	0.1123	-27.4223	-37.2254	36.1547
7	1.8474	-0.7073	0.3665	1.7884	-1.3059	5.7544	0.0264	-0.0877	-0.1774	-0.0724	0.0318	0.0613	0.8189	0.2892	-0.0582	0.2941	0.1743	0.0898	0.2098	0.0186	0.1128	-0.9445	-38.9106	32.9296
8	2.1479	0.7393	0.2791	1.9796	-0.7865	4.5965	-0.0475	0.0825	0.0814	0.0288	-0.0252	0.0796	-0.6807	0.0346	0.0727	0.2728	-0.104	-0.1004	0.1745	-0.0238	0.106	-3.2294	40.2517	-33.2355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	475 - 672
2	X-RAY DIFFRACTION	1	a	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	476 - 671
4	X-RAY DIFFRACTION	2	b	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	476 - 673
6	X-RAY DIFFRACTION	3	c	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	475 - 673
8	X-RAY DIFFRACTION	4	d	1 - 9
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	474 - 672
10	X-RAY DIFFRACTION	5	e	1 - 9
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	475 - 672
12	X-RAY DIFFRACTION	6	f	1 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	479 - 671
14	X-RAY DIFFRACTION	7	g	1 - 9
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	479 - 671
16	X-RAY DIFFRACTION	8	h	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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