PDB-3r05: Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), with splice in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r05

タイトル

Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), with splice insert SS3

要素

Neurexin-1-alpha

キーワード

CELL ADHESION / synaptic adhesion molecule

機能・相同性

機能・相同性情報

neuroligin family protein binding / cell projection / presynaptic membrane / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Venugopal, V. / Rudenko, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The structure of neurexin 1α reveals features promoting a role as synaptic organizer
著者: Chen, F. / Venugopal, V. / Murray, B. / Rudenko, G.

履歴

登録	2011年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r05.cif.gz	817.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r05.ent.gz	665.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3r05_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r05_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3r05_validation.xml.gz	76.5 KB	表示
CIF形式データ	3r05_validation.cif.gz	101.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qcwSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3poy-d 3qcw-1 3qcw-2 4e6n-d 2i82-d 4drf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurexin-1-alpha

B: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

278 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.030, 114.574, 160.129
Angle α, β, γ (deg.)	89.600, 89.980, 87.960
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B
1	7	A
2	7	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	281 - 325
2	1	1	1	B	281 - 325
1	2	1	1	A	327 - 368
2	2	1	1	B	327 - 368
1	3	1	1	A	370 - 456
2	3	1	1	B	370 - 456
1	4	1	6	A	457 - 459
2	4	1	6	B	457 - 459
1	5	1	1	A	460 - 464
2	5	1	1	B	460 - 464
1	6	1	1	A	466 - 468
2	6	1	1	B	466 - 468
1	7	1	6	A	469 - 470
2	7	1	6	B	469 - 470
1	8	1	1	A	471 - 475
2	8	1	1	B	471 - 475
1	9	1	1	A	477 - 478
2	9	1	1	B	477 - 478
1	10	1	1	A	480 - 482
2	10	1	1	B	480 - 482
1	11	1	6	A	483 - 485
2	11	1	6	B	483 - 485
1	1	2	1	A	486 - 534
2	1	2	1	B	486 - 534
1	2	2	1	A	536 - 537
2	2	2	1	B	536 - 537
1	3	2	1	A	539 - 547
2	3	2	1	B	539 - 547
1	4	2	1	A	549 - 552
2	4	2	1	B	549 - 552
1	5	2	1	A	554 - 586
2	5	2	1	B	554 - 586
1	6	2	1	A	588 - 628
2	6	2	1	B	588 - 628
1	7	2	1	A	630 - 658
2	7	2	1	B	630 - 658
1	8	2	6	A	659 - 665
2	8	2	6	B	659 - 665
1	9	2	1	A	666 - 677
2	9	2	1	B	666 - 677
1	10	2	6	A	678 - 680
2	10	2	6	B	678 - 680
1	1	3	1	A	681 - 716
2	1	3	1	B	681 - 716
1	2	3	1	A	718 - 722
2	2	3	1	B	718 - 722
1	1	4	1	A	723 - 725
2	1	4	1	B	723 - 725
1	2	4	1	A	727 - 790
2	2	4	1	B	727 - 790
1	3	4	1	A	801 - 823
2	3	4	1	B	801 - 823
1	4	4	1	A	825 - 909
2	4	4	1	B	825 - 909
1	1	5	1	A	910 - 1024
2	1	5	1	B	910 - 1024
1	2	5	1	A	1026 - 1050
2	2	5	1	B	1026 - 1050
1	3	5	1	A	1052 - 1087
2	3	5	1	B	1052 - 1087
1	1	6	1	A	1088 - 1130
2	1	6	1	B	1088 - 1130
1	1	7	1	A	1131 - 2001
2	1	7	1	B	1131 - 2001

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質

Neurexin-1-alpha

分子量: 138510.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-1355 / 変異: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NRXN1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q28146

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

Has protein modification

Y

配列の詳細

PROTEIN CONSTRUCT IS A SPLICE FORM THAT DOES NOT CONTAIN SPLICE INSERTS AT SITES SS1 [DEL(258-277)] ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.55 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1272 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 14.13 / 数: 306149 / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.24 / D res high: 2.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 89668 / % possible obs: 98.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8	50	96.1	1	0.045	1.203	3.4
6.35	8	98.9	1	0.046	1.168	3.4
5.55	6.35	99.3	1	0.055	1.357	3.5
5.04	5.55	99.3	1	0.055	1.297	3.5
4.68	5.04	99.2	1	0.054	1.241	3.5
4.41	4.68	99	1	0.057	1.385	3.5
4.19	4.41	99	1	0.068	1.407	3.5
4	4.19	98.9	1	0.086	1.174	3.5
3.85	4	98.8	1	0.097	1.246	3.5
3.72	3.85	98.8	1	0.12	1.295	3.5
3.6	3.72	98.5	1	0.154	1.438	3.4
3.5	3.6	98.8	1	0.158	1.304	3.4
3.41	3.5	98.4	1	0.206	1.271	3.5
3.32	3.41	98.5	1	0.239	1.178	3.5
3.25	3.32	98.5	1	0.291	1.169	3.5
3.18	3.25	98.3	1	0.354	1.102	3.4
3.11	3.18	98.1	1	0.391	1.1	3.4
3.06	3.11	97.9	1	0.507	1.127	3.3
3	3.06	97.3	1	0.495	1.122	3.2
2.95	3	95.6	1	0.532	1.052	3.1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 89668 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.235 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.95-3	3.1	0.532	4356	1.052	1	95.6
3-3.06	3.2	0.495	4495	1.122	1	97.3
3.06-3.11	3.3	0.507	4362	1.127	1	97.9
3.11-3.18	3.4	0.391	4523	1.1	1	98.1
3.18-3.25	3.4	0.354	4469	1.102	1	98.3
3.25-3.32	3.5	0.291	4466	1.169	1	98.5
3.32-3.41	3.5	0.239	4536	1.178	1	98.5
3.41-3.5	3.5	0.206	4416	1.271	1	98.4
3.5-3.6	3.4	0.158	4561	1.304	1	98.8
3.6-3.72	3.4	0.154	4466	1.438	1	98.5
3.72-3.85	3.5	0.12	4518	1.295	1	98.8
3.85-4	3.5	0.097	4512	1.246	1	98.8
4-4.19	3.5	0.086	4493	1.174	1	98.9
4.19-4.41	3.5	0.068	4534	1.407	1	99
4.41-4.68	3.5	0.057	4532	1.385	1	99
4.68-5.04	3.5	0.054	4489	1.241	1	99.2
5.04-5.55	3.5	0.055	4551	1.297	1	99.3
5.55-6.35	3.5	0.055	4498	1.357	1	99.3
6.35-8	3.4	0.046	4503	1.168	1	98.9
8-50	3.4	0.045	4388	1.203	1	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QCW

3qcw

解像度: 2.95→44.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.2446 / WR_factor R_work: 0.2403 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8169 / SU B: 31.451 / SU ML: 0.253 / SU R Cruickshank DPI: 0.6154 / SU R_free: 0.3254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2353	4654	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2083	-	-	-
obs	0.2097	89495	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.55 Å² / B_iso mean: 92.1204 Å² / B_iso min: 29.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.06 Å²	0.84 Å²	-1.09 Å²
2-	-	-2.87 Å²	-0.42 Å²
3-	-	-	9.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→44.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15466	0	56	0	15522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	15852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.335	1.955	21508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.096	5	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.83	24.525	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.69	15	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.317	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	6623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.336	0.2	10706
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.288	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.279	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.717	1.5	10184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.187	2	15996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	6370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.787	4.5	5512

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1316	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	55	LOOSE POSITIONAL	0.2	5
1	1316	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	55	LOOSE THERMAL	0.18	10
2	1390	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	72	LOOSE POSITIONAL	0.26	5
2	1390	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
2	72	LOOSE THERMAL	1.38	10
3	313	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	313	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
4	1384	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	1384	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
5	1353	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	1353	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
6	305	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	305	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
7	1384	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
7	1384	TIGHT THERMAL	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	338	-
R_work	0.315	5890	-
all	-	6228	-
obs	-	-	93.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6427	-4.1124	2.1406	7.4248	-3.2443	3.0815	-0.0316	0.1212	0.5656	0.2757	-0.3952	-0.0693	-0.7765	-0.0761	0.4268	0.9113	-0.0337	-0.0345	1.0177	-0.2198	-0.3595	-7.4271	12.9297	-18.1365
2	7.3844	-1.1469	-1.4727	3.6375	0.7612	4.2335	-0.0644	-0.5153	0.5504	0.513	-0.0551	-0.3864	-0.5507	0.392	0.1195	0.4272	0.0257	-0.1146	0.6503	0.0165	-0.4864	-9.2298	9.0965	-50.2641
3	3.6955	-0.8196	-2.6449	0.6685	3.9265	24.8087	-0.2073	-1.0817	-0.0553	0.9439	-0.013	0.0668	-0.1661	-1.5215	0.2203	-0.037	0.1761	0.1049	0.5512	-0.0789	-0.1152	-31.7186	9.7343	-66.1543
4	5.1829	0.5534	0.2782	2.8303	-0.1842	4.5203	-0.005	-0.8937	-0.076	0.5246	0.0066	0.013	0.1404	0.0666	-0.0016	-0.4067	0.0649	0.0198	-0.409	0.0473	-0.5177	-11.4537	0.1541	-80.3642
5	4.8013	0.4666	-0.4938	3.7757	0.5916	1.9454	-0.0186	-0.0024	-0.4763	0.0305	-0.035	-0.3446	0.2008	0.1981	0.0536	-0.601	-0.0276	0.0164	-0.6803	-0.0219	-0.2969	-16.9873	-13.8322	-107.3818
6	2.0888	0.8375	0.5811	13.7528	-3.6621	1.2924	-0.3287	0.3918	0.8668	-1.2771	0.5832	0.8718	-0.1787	-0.5906	-0.2545	-0.1928	0.0693	-0.0103	-0.4188	0.1618	0.0079	-7.3255	24.787	-115.1462
7	6.565	-1.3966	1.6958	6.1028	-0.1393	4.4094	-0.0494	0.1285	0.8406	-0.1166	0.01	-0.2538	-0.9332	0.0428	0.0394	-0.0013	-0.0637	0.0956	-0.6529	0.0887	0.255	5.9966	44.6514	-108.6841
8	9.5255	5.3283	-2.0235	7.9814	-3.0174	3.0018	0	-0.1098	-0.634	-0.2949	-0.31	0.0588	0.7584	0.0073	0.31	0.9238	-0.0008	0.0045	1.0431	-0.2416	-0.485	-37.9787	-15.4192	-190.087
9	7.4771	0.9884	1.0639	4.0925	0.9849	4.5352	-0.0713	0.6684	-0.5255	-0.6198	-0.0239	-0.4271	0.5677	0.3582	0.0952	0.4014	-0.0899	0.1128	0.598	0.0348	-0.4791	-39.7965	-11.6233	-157.9843
10	2.6272	0.8221	3.0004	0.9322	4.7875	25.371	-0.1313	0.9513	0.1997	-0.9139	-0.1131	-0.0564	0.1726	-1.5696	0.2443	-0.0564	-0.1802	-0.0964	0.4866	-0.0763	-0.1362	-62.2348	-12.226	-142.0562
11	4.3485	-0.6387	0.035	2.2987	0.0407	4.5685	-0.0456	0.8314	0.0773	-0.4277	-0.0037	-0.0558	-0.1298	0.1041	0.0493	-0.4215	-0.0716	-0.0162	-0.4723	0.0412	-0.4354	-41.9666	-2.7439	-127.8597
12	5.2144	-0.5326	0.2665	3.9184	0.6877	1.9164	0.0051	-0.0583	0.5111	0.0276	0.0379	-0.3668	-0.2046	0.2013	-0.0431	-0.6032	0.0284	-0.0118	-0.6616	-0.0381	-0.3289	-47.5126	11.2337	-100.8102
13	3.1374	-3.0579	0.8138	13.1055	-3.7574	1.7973	-0.5547	-0.5524	-1.1368	1.2799	0.6944	1.1796	0.2832	-0.6716	-0.1397	-0.2228	-0.0732	0.0873	-0.3146	0.1827	0.0391	-37.7376	-27.5451	-93.1555
14	8.8691	1.2524	-2.3221	6.2535	-0.4358	4.6718	-0.1645	-0.1718	-1.0361	0.1994	0.0105	0.2492	1.016	-0.1359	0.154	-0.0057	0.0109	0.0158	-0.6408	0.1038	0.3494	-24.0746	-47.3412	-99.3662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	281 - 485
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	486 - 679
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	680 - 722
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	723 - 909
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	910 - 1087
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1088 - 1130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1131 - 1337
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	281 - 485
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	486 - 679
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	680 - 722
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	723 - 909
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	910 - 1087
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	1088 - 1130
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	1131 - 1337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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