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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qzo | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus IsdA NEAT domain in complex with heme, reduced crystal | ||||||
要素 | Iron-regulated surface determinant protein A | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / heme / transport / iron / uptake / receptor / cell wall / ferrous | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.952 Å | ||||||
データ登録者 | Grigg, J.C. / Mao, C.X. / Murphy, M.E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Iron-Coordinating Tyrosine Is a Key Determinant of NEAT Domain Heme Transfer. 著者: Grigg, J.C. / Mao, C.X. / Murphy, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qzo.cif.gz | 131.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qzo.ent.gz | 103.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qzo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qzo_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qzo_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3qzo_validation.xml.gz | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qzo_validation.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/3qzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/3qzo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14646.335 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 62-184 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: frpA, isdA, SA0977, stbA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A655 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 30% PEG 6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日 / 詳細: Vertically focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 45601 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ITF 解像度: 1.952→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.837 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.29 Å2 / Biso mean: 30.0321 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.952→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.952→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
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