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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qzm | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus IsdA NEAT domain H83A variant in complex with heme | ||||||
![]() | Iron-regulated surface determinant protein A | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / heme / transport / iron / uptake / receptor / cell wall | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grigg, J.C. / Mao, C.X. / Murphy, M.E.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Iron-Coordinating Tyrosine Is a Key Determinant of NEAT Domain Heme Transfer. 著者: Grigg, J.C. / Mao, C.X. / Murphy, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14579.265 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 62-184 / 変異: H83A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: N315 / 遺伝子: frpA, isdA, SA0977, stbA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 詳細: Sample to detector distance: 107 to 650 mm; Maximum vertical offset: 75mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.25→55.658 Å / Num. all: 80164 / Num. obs: 80164 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2ITF 解像度: 1.25→55.658 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 0.928 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.65 Å2 / Biso mean: 12.5754 Å2 / Biso min: 4.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→55.658 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
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