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万見
- PDB-3qz9: Crystal structure of Co-type nitrile hydratase beta-Y215F from Ps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qz9
タイトルCrystal structure of Co-type nitrile hydratase beta-Y215F from Pseudomonas putida.
要素
  • Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
  • Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
キーワードLYASE / nitrile hydratase / CO / Cobalt / Cysteine Sulfinic Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / SH3 type barrels. - #50 / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta ...Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / SH3 type barrels. - #50 / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brodkin, H.R. / Novak, W.R.P. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Evidence of the Participation of Remote Residues in the Catalytic Activity of Co-Type Nitrile Hydratase from Pseudomonas putida.
著者: Brodkin, H.R. / Novak, W.R. / Milne, A.C. / D'Aquino, J.A. / Karabacak, N.M. / Goldberg, I.G. / Agar, J.N. / Payne, M.S. / Petsko, G.A. / Ondrechen, M.J. / Ringe, D.
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
B: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
C: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
D: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
E: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
F: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
G: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
H: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,43216
ポリマ－194,8288
非ポリマー6048
水9,026501
1
A: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
B: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8584
ポリマ－48,7072
非ポリマー1512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
2
C: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
D: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8584
ポリマ－48,7072
非ポリマー1512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
3
E: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
F: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8584
ポリマ－48,7072
非ポリマー1512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
4
G: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
H: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8584
ポリマ－48,7072
非ポリマー1512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.889, 137.203, 86.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain B and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
211chain D and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
311chain F and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
411chain H and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
112chain A and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...
212chain C and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...
312chain E and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...
412chain G and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit


分子量: 24667.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質
Co-type Nitrile Hydratase beta subunit


分子量: 24038.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Hepes, 22% polyacrylic acid, 20 mM MgCl, 4% Acetone, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月8日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.8 Å / Num. obs: 74195 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7160

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IRE

1ire


解像度: 2.4→29.8 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 3723 5.03 %
Rwork0.185 --
obs0.1865 73983 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.947 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4349 Å2-0 Å22.0379 Å2
2---6.5746 Å2-0 Å2
3---8.0096 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12924 0 28 501 13453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03818371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6654788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052402
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D1570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
13F1576X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
14H1571X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
21A1401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
23E1389X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
24G1389X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.377-2.40710.3323620.26081198X-RAY DIFFRACTION44
2.4071-2.43870.29861200.2322519X-RAY DIFFRACTION95
2.4387-2.47210.24431530.22272579X-RAY DIFFRACTION96
2.4721-2.50740.28141310.22452566X-RAY DIFFRACTION96
2.5074-2.54480.27711490.21972606X-RAY DIFFRACTION97
2.5448-2.58460.24981330.21282577X-RAY DIFFRACTION98
2.5846-2.62690.25681240.20482639X-RAY DIFFRACTION98
2.6269-2.67220.27711350.22532631X-RAY DIFFRACTION98
2.6722-2.72070.24721440.21112630X-RAY DIFFRACTION99
2.7207-2.7730.25121280.2082699X-RAY DIFFRACTION99
2.773-2.82960.24491340.20732649X-RAY DIFFRACTION100
2.8296-2.89110.2631450.21392698X-RAY DIFFRACTION100
2.8911-2.95830.26671560.2092658X-RAY DIFFRACTION100
2.9583-3.03220.26421270.20432674X-RAY DIFFRACTION100
3.0322-3.11410.19561520.19892667X-RAY DIFFRACTION100
3.1141-3.20560.25121470.19522662X-RAY DIFFRACTION100
3.2056-3.3090.23561450.18752680X-RAY DIFFRACTION100
3.309-3.42710.19391590.18132688X-RAY DIFFRACTION100
3.4271-3.56410.18061350.15932676X-RAY DIFFRACTION100
3.5641-3.7260.18621570.16942667X-RAY DIFFRACTION100
3.726-3.9220.19631380.1652687X-RAY DIFFRACTION100
3.922-4.16710.16721500.15632663X-RAY DIFFRACTION100
4.1671-4.48790.1661470.14142699X-RAY DIFFRACTION100
4.4879-4.93770.15151410.13732680X-RAY DIFFRACTION100
4.9377-5.64790.19451360.14882703X-RAY DIFFRACTION100
5.6479-7.09990.18011430.16432724X-RAY DIFFRACTION100
7.0999-29.81020.16361320.14632741X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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