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- PDB-3qz6: The crystal structure of HpcH/HpaI aldolase from Desulfitobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qz6
タイトルThe crystal structure of HpcH/HpaI aldolase from Desulfitobacterium hafniense DCB-2
要素HpcH/HpaI aldolase
キーワードLYASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HpcH/HpaI aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Tan, K. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of HpcH/HpaI aldolase from Desulfitobacterium hafniense DCB-2
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1562
ポリマ－29,0901
非ポリマー651
水4,360242
1
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3114
ポリマ－58,1812
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4676
ポリマ－87,2713
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area32640 Å2
手法PISA
3
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,93412
ポリマ－174,5426
非ポリマー3926
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area29220 Å2
ΔGint-518 kcal/mol
Surface area48120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.531, 131.531, 176.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-259-

ZN

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要素

#1: タンパク質 HpcH/HpaI aldolase


分子量: 29090.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_2073 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B8FRX2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium citrate, 0.1M Tris.HCl, 15% (v/v) PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月6日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44 Å / Num. all: 39752 / Num. obs: 39752 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 0.773 / Num. unique all: 1931 / Rsym value: 0.016 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.999→43.828 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1725 1906 5.03 %random
Rwork0.1523 ---
all0.1533 37911 --
obs0.1533 37911 95.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.947 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9299 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.9299 Å20 Å2
3----3.8598 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→43.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 1 242 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9822781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.349748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9995-2.07090.24841510.22973192X-RAY DIFFRACTION86
2.0709-2.15380.24751770.20543359X-RAY DIFFRACTION89
2.1538-2.25190.20831640.17143465X-RAY DIFFRACTION93
2.2519-2.37060.19131780.15473557X-RAY DIFFRACTION95
2.3706-2.51910.1721800.14883618X-RAY DIFFRACTION96
2.5191-2.71360.16621970.15573673X-RAY DIFFRACTION97
2.7136-2.98660.18012340.15583668X-RAY DIFFRACTION98
2.9866-3.41860.17822240.15253743X-RAY DIFFRACTION100
3.4186-4.30650.13792050.13343795X-RAY DIFFRACTION100
4.3065-43.83880.15691960.13793935X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2071 Å / Origin y: 11.587 Å / Origin z: 17.1328 Å
111213212223313233
T0.1349 Å2-0.0394 Å2-0.0372 Å2-0.1694 Å2-0.0117 Å2--0.1404 Å2
L0.4137 °20.0618 °2-0.0983 °2-0.3022 °20.177 °2--0.4876 °2
S-0.0016 Å °-0.1274 Å °0.0362 Å °0.0273 Å °0.0065 Å °-0.073 Å °-0.0698 Å °0.1775 Å °-0.0136 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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