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- PDB-3qz3: The crystal structure of ferritin from Vibrio cholerae O1 biovar ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qz3
タイトルThe crystal structure of ferritin from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
要素Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / all alpha ferritin-like / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Tan, K. / Mulligan, R. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of ferritin from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
著者: Tan, K. / Mulligan, R. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1157
ポリマ－63,8663
非ポリマー2484
水2,666148
1
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,91856
ポリマ－510,93124
非ポリマー1,98632
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area73360 Å2
ΔGint-361 kcal/mol
Surface area143940 Å2
手法PISA
2
A: Ferritin
C: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7645
ポリマ－42,5782
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
3
B: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7024
ポリマ－42,5782
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.960, 144.960, 136.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 21288.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_0078 / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PPK1037 / 参照: UniProt: Q9KVR1
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Bis-tris, 1.5M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41 Å / Num. all: 42655 / Num. obs: 42655 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2095 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EUM

1eum


解像度: 2.099→41.028 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 2068 5.05 %random
Rwork0.1798 ---
obs0.1818 40957 95.92 %-
all-40957 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.994 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.408 Å2-0 Å20 Å2
2---7.408 Å2-0 Å2
3---14.8159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→41.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3982 0 16 148 4146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9515510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.631475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0992-2.17420.31311620.2253470X-RAY DIFFRACTION87
2.1742-2.26130.25681890.19723638X-RAY DIFFRACTION91
2.2613-2.36420.22742170.18083766X-RAY DIFFRACTION94
2.3642-2.48880.23022080.19483816X-RAY DIFFRACTION95
2.4888-2.64470.26282070.21493840X-RAY DIFFRACTION96
2.6447-2.84880.2512040.20073981X-RAY DIFFRACTION98
2.8488-3.13540.25042250.20763972X-RAY DIFFRACTION99
3.1354-3.58890.24982210.18844050X-RAY DIFFRACTION100
3.5889-4.52070.18092330.15634079X-RAY DIFFRACTION100
4.5207-41.03580.18662020.16114277X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33070.48-0.66060.7012-0.36270.28740.08750.07030.29290.0678-0.04110.057-0.0991-0.0403-0.03560.3335-0.0223-0.0160.3179-0.00210.3824-26.6685-12.7372-40.3094
20.2059-0.47610.0660.9643-0.52930.7530.09730.0387-0.0715-0.1215-0.04590.17020.14080.0626-0.0590.4476-0.0172-0.04390.3424-0.01530.3825-48.3679-8.6527-9.7293
30.6454-0.1404-0.75260.491-0.03950.823-0.0542-0.2287-0.04630.12320.0094-0.13910.04860.31050.01920.32050.0039-0.01090.376-0.00940.3297-21.4559-35.2439-27.6801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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