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- PDB-3qz1: Crystal Structure of Bovine Steroid of 21-hydroxylase (P450c21) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qz1
タイトルCrystal Structure of Bovine Steroid of 21-hydroxylase (P450c21)
要素Steroid 21-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 monooxygenase / 21-hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid 21-monooxygenase / steroid 21-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / steroid hydroxylase activity / steroid binding / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9beta)-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Steroid 21-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, B. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Bovine Steroid of 21-hydroxylase (P450c21)
著者: Zhao, B. / Lei, L. / Sundaramoorthy, M. / Kagawa, N. / Waterman, M.R.
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Data collection
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid 21-hydroxylase
B: Steroid 21-hydroxylase
C: Steroid 21-hydroxylase
D: Steroid 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,75116
ポリマ－224,6414
非ポリマー5,11012
水1,74797
1
A: Steroid 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4384
ポリマ－56,1601
非ポリマー1,2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Steroid 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4384
ポリマ－56,1601
非ポリマー1,2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Steroid 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4384
ポリマ－56,1601
非ポリマー1,2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Steroid 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4384
ポリマ－56,1601
非ポリマー1,2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.871, 167.998, 111.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Steroid 21-hydroxylase / 21-OHase / Cytochrome P-450c21 / Cytochrome P450 21 / Cytochrome P450 XXI / Cytochrome P450-C21


分子量: 56160.270 Da / 分子数: 4 / 変異: T241R, L442A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CYP21, CYP21A1 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] / 参照: UniProt: P00191, EC: 1.14.99.10
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-3QZ / (9beta)-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione / 17α-ヒドロキシプロゲステロン


分子量: 330.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O3 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND 3QZ IN THE STRUCTURE IS 17-HYDROXYPROGESTERONE, WHICH IS VERY HYDROPHOBIC AND ITS ...THE LIGAND 3QZ IN THE STRUCTURE IS 17-HYDROXYPROGESTERONE, WHICH IS VERY HYDROPHOBIC AND ITS SOLUBILITY IS POOR. THE AUTHORS COULD NOT ADD MORE LIGAND DURING CRYSTALLIZATION DUE TO THE POOR SOLUBILITY. THIS IS PROBABLY WHY THE LIGANDS (ESPECIALLY B502) SHOWED RELATIVELY HIGH REAL SPACE R VALUES. THE DISORDER IS ALSO ONE OF THE REASON TO BE CONSIDERED. THERE ARE FOUR MOLECULES IN ASYMMETRIC UNIT. THREE OF FOUR MOLECULES A, C, AND D CLEARLY SHOWED TWO MOLECULES IN THE ENZYME. MOLECULE B SHOWED TWO MOLECULES AS WELL EVEN THOUGH B502 IS MORE DISORDERED SOMEHOW. IN ADDITION, THE BIOCHEMICAL TITRATION DATA PROVIDE ADDITIONAL EVIDENCE TO SUPPORT TWO LIGANDS BOUND IN THE ENZYME AT SAME TIME

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 3350, Tacsimate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.97
シンクロトロンAPS 22-ID21.5
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 300 mm plate1IMAGE PLATE2011年2月6日
MAR scanner 300 mm plate2IMAGE PLATE2010年11月10日
1,2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.51
Reflection twinOperator: -h,k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 49955 / Num. obs: 47687 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3→3.03 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Rsym value: 0.672 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 3→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 1541
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2973 4666 9.3 %
Rwork0.2819 41569 -
obs-46235 92.4 %
溶媒の処理Bsol: 139.685 Å2
原子変位パラメータBiso max: 323.81 Å2 / Biso mean: 119.1571 Å2 / Biso min: 51.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.352 Å20 Å2-0.008 Å2
2---0.514 Å20 Å2
3---0.162 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14064 0 364 97 14525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.508
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.110.47023700.40243697406781.3
3.11-3.230.42794330.38363775420884.3
3.23-3.380.41044220.35813919434186.8
3.38-3.560.37484640.33413958442289.2
3.56-3.780.33134420.3014166460892.6
3.78-4.070.31924790.28144257473694.6
4.07-4.480.2824970.26124355485297
4.48-5.120.27385080.25574432494098.8
5.12-6.440.27845070.26614492499999.2
6.44-300.26625440.2774518506299.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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