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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qym | ||||||
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タイトル | Structure of p63 DNA Binding Domain in Complex with a 10 Base Pair A/T Rich Response Element Half Site | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA / B DNA double helix / protein-DNA complex / zinc binding / beta sandwich / greek key / transcription factor / DNA binding / nucleus / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / WW domain binding / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of stem cell proliferation / epithelial cell development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / establishment of skin barrier / Pyroptosis / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / stem cell proliferation / skeletal system development / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein tetramerization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular senescence / p53 binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / dendrite / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Herzberg, O. / Chen, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of p63 DNA binding domain in complexes with half-site and with spacer-containing full response elements. 著者: Chen, C. / Gorlatova, N. / Kelman, Z. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 714 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 587.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 517.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 637.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is formed by a full response element, which binds two protein dimers. Protein dimer-dimer interaction is possible only if the two half sites are contiguous, and the relative orientation between the two protein dimers may vary. It is unknown which of the two arrangements of p63 dimers (BIOMOLECULE 1 and 2 versus BIOMOLECULE 3) is biologically relevant. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22683.861 Da / 分子数: 8 / 断片: DNA binding domain (UNP residues 166-362) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 3043.029 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: contains a consensus P63 binding motif #3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 10% PEG3350, 0.2 M ammonium formate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9198 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→104.257 Å / Num. all: 36604 / Num. obs: 36604 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 85.29 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2610 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 94.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2ADY 解像度: 3.2→19.719 Å / SU ML: 0.52 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 31.77 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.093 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.719 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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