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- PDB-3qyf: Crystal structure of the CRISPR-associated protein SSO1393 from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qyf
タイトルCrystal structure of the CRISPR-associated protein SSO1393 from Sulfolobus solfataricus
要素CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX / VIRAL RESISTANCE / NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / defense response to virus / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised CRISPR-associated protein family, UPF0236 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #30 / CRISPR system ring nuclease SSO1393 / : / SSO1393-like, winged-helix domain / Hypothetical protein VC1899 like domain (Restriction endonuclease-like) / CRISPR system ring nuclease SSO1393-like / CRISPR-associated protein (Cas_APE2256) / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Uncharacterised CRISPR-associated protein family, UPF0236 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #30 / CRISPR system ring nuclease SSO1393 / : / SSO1393-like, winged-helix domain / Hypothetical protein VC1899 like domain (Restriction endonuclease-like) / CRISPR system ring nuclease SSO1393-like / CRISPR-associated protein (Cas_APE2256) / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system ring nuclease SSO1393
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Petit, P. / Xu, X. / Chang, C. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the CRISPR-associated protein SSO1393 from Sulfolobus solfataricus
著者: Petit, P. / Xu, X. / Beloglazova, N. / Brown, G. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2011年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN
B: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0904
ポリマ－76,0422
非ポリマー492
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.614, 81.554, 70.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN


分子量: 38020.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO1393 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97YD2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ALTHOUGH CRYSTALLIZATION TRIALS WERE SET UP WITH THE FULL LENGTH PROTEIN, CRYSTALS ONLY GREW IF ...ALTHOUGH CRYSTALLIZATION TRIALS WERE SET UP WITH THE FULL LENGTH PROTEIN, CRYSTALS ONLY GREW IF SUBTILISIN PROTEASE WAS ADDED TO THE MIX. THIS COULD BE THE REASON THAT ELECTRON DENSITY MAP SHOW LARGE SEGMENT OF THE C-TERMINAL RESIDUES MISSING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1M Tris pH 8.2, 0.2M CaCl2, 30%PEG400, 4%MPD, 1/70 subtlisin, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.63 Å / Num. obs: 50502 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 7295 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.349 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 2492 5.08 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
obs0.1701 49041 96.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.023 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5367 Å2-0 Å21.247 Å2
2---5.9809 Å2-0 Å2
3---1.4442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 0 2 398 4746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9815978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6461658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96790.26292160.20034308X-RAY DIFFRACTION89
1.9679-2.04670.24272420.18074376X-RAY DIFFRACTION92
2.0467-2.13980.21032380.16364578X-RAY DIFFRACTION95
2.1398-2.25260.20282120.1634653X-RAY DIFFRACTION96
2.2526-2.39360.22352660.16314630X-RAY DIFFRACTION97
2.3936-2.57830.21212720.17214724X-RAY DIFFRACTION98
2.5783-2.83760.22082380.17364768X-RAY DIFFRACTION99
2.8376-3.24770.20712590.17344798X-RAY DIFFRACTION99
3.2477-4.08980.18092600.15474821X-RAY DIFFRACTION100
4.0898-28.35250.19932890.16814893X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.8199 Å / Origin y: 43.4417 Å / Origin z: 16.4068 Å
111213212223313233
T0.037 Å2-0.0014 Å2-0.013 Å2-0.0494 Å20.0018 Å2--0.0459 Å2
L0.387 °20.0876 °2-0.1374 °2-0.9638 °2-0.1858 °2--0.5735 °2
S-0.0081 Å °0.0022 Å °0.0164 Å °-0.0875 Å °0.028 Å °0.0279 Å °0.0571 Å °-0.0092 Å °-0.0195 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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