ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-3000データ収集 MOLREP位相決定 REFMAC5.2.0019精密化 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.25→23 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.968 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.963 / SU B : 0.955 / SU ML : 0.019 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R Free : 0.035 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOODRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.16955 3609 5.1 % RANDOM Rwork 0.1537 - - - all 0.1545 67744 - - obs 0.1545 67744 100 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 11.995 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.23 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.23 Å2 0 Å2 3- - - -0.47 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.25→23 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1545 0 10 201 1756
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 20) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.022 1631 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.461 1.958 2226 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.588 5 217 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg37.886 23.235 68 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.136 15 250 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg15.49 15 12 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.094 0.2 238 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 1267 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.198 0.2 750 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.31 0.2 1136 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.138 0.2 143 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.184 0.2 34 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.111 0.2 22 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.432 1.5 1056 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.021 2 1668 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.685 3 654 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.677 4.5 552 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.416 3 1710 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free7.047 3 201 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded4.281 3 1581
LS精密化 シェル 解像度 : 1.25→1.283 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.232 237 - Rwork 0.206 4783 - obs - - 100 %