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万見
- PDB-3qxl: Crystal structure of the CDC25 Domain from Ral-specific Guanine-n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qxl
タイトルCrystal structure of the CDC25 Domain from Ral-specific Guanine-nucleotide Exchange Factor RalGPS1a
要素Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cdc25 domain homology / Guanine-nucleotide Exchange Factor / Small GTPase Ral subfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ral protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Ras protein signal transduction / intracellular signal transduction / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / PH domain ...Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.237 Å
データ登録者Peng, W. / Xu, J. / Guan, X. / Sun, Y. / Li, X. / Zhang, X.C. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2011
タイトル: Structural study of the Cdc25 domain from Ral-specific guanine-nucleotide exchange factor RalGPS1a.
著者: Peng, W. / Xu, J. / Guan, X. / Sun, Y. / Zhang, X.C. / Li, X. / Rao, Z.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1
B: Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3022
ポリマ－62,3022
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1511
ポリマ－31,1511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1511
ポリマ－31,1511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.504, 102.035, 82.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1 / Ral GEF with PH domain and SH3-binding motif 1 / Ral guanine nucleotide exchange factor 2 / RalGEF ...Ral GEF with PH domain and SH3-binding motif 1 / Ral guanine nucleotide exchange factor 2 / RalGEF 2 / RalA exchange factor RalGPS1


分子量: 31150.912 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALGPS1, KIAA0351, RALGEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JS13
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM sodium cacodylate and 8.5% (w/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.237→40.8 Å / Num. obs: 28948 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.237→40.8 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 1394 5.08 %Random
Rwork0.1968 ---
obs0.199 27464 94.91 %-
all-28948 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.269 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5797 Å2-0 Å20.264 Å2
2--0.0955 Å2-0 Å2
3---0.4842 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.237→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4012 0 0 124 4136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8985537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3871538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.237-2.31650.28861200.23322031X-RAY DIFFRACTION74
2.3165-2.40930.32341220.23532440X-RAY DIFFRACTION88
2.4093-2.51890.26811520.21942549X-RAY DIFFRACTION94
2.5189-2.65170.24971300.21552651X-RAY DIFFRACTION97
2.6517-2.81780.23811480.20212702X-RAY DIFFRACTION99
2.8178-3.03530.26351180.19492748X-RAY DIFFRACTION99
3.0353-3.34060.23481490.19672712X-RAY DIFFRACTION99
3.3406-3.82370.19131460.17132708X-RAY DIFFRACTION100
3.8237-4.81630.20031490.16262758X-RAY DIFFRACTION100
4.8163-40.81010.23721600.18992771X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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