PDB-3qwe: Crystal structure of the N-terminal domain of the GEM interacting...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qwe

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of the GEM interacting protein

要素

GEM-interacting protein

キーワード

PROTEIN BINDING / structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / intracellular signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Guan, X. / Tempel, W. / Tong, Y. / Shen, L. / Wang, H. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the GEM interacting protein
著者: Guan, X. / Tempel, W. / Tong, Y. / Shen, L. / Wang, H. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.

履歴

登録	2011年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qwe.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qwe.ent.gz	90.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qwe_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qwe_full_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示
XML形式データ	3qwe_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	3qwe_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wpc-d 4wpe-1 3edv-d 2ocy-d 4zi9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (4) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (4) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (4) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (4)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (4)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (4)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (3)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GEM-interacting protein

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GEM-interacting protein

ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.530, 57.530, 500.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS

#1: タンパク質	GEM-interacting protein / GMIP 分子量: 32183.525 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 80-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMIP / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9P107
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	4	68.6
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG-1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% ethylene glycol, 3% glucose monohydrate. Crystals were de-hydrated by addition of 5% glycerol to reservoir solution, incubation over-night, ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CLSI	08ID-1	1	0.92017
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97911

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2011年1月21日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2010年12月18日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92017	1
2	0.97911	1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20751 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 68.077 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 24.19

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46	0.945	2.2	21132	1445	99.9
2.46-2.53	0.688	3	21617	1449	100
2.53-2.6	0.57	4	21953	1409	100
2.6-2.68	0.497	4.8	22227	1354	100
2.68-2.77	0.399	6.4	22908	1353	100
2.77-2.87	0.283	9.1	23223	1306	100
2.87-2.98	0.216	12.4	22683	1229	100
2.98-3.1	0.159	16.7	23016	1212	99.9
3.1-3.24	0.122	23.2	22338	1175	100
3.24-3.39	0.106	28.2	21414	1119	100
3.39-3.58	0.088	34.3	20336	1077	100
3.58-3.79	0.068	41.8	18708	1000	100
3.79-4.06	0.062	46.7	17820	971	100
4.06-4.38	0.054	49.2	16582	904	100
4.38-4.8	0.048	52.1	15669	866	100
4.8-5.37	0.045	52.8	13989	750	100
5.37-6.2	0.047	50.9	13021	712	100
6.2-7.59	0.039	54.5	10996	611	100
7.59-10.73	0.031	57	8229	494	99.4
10.73-30	0.029	51.6	4229	315	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		data processing
BUSTER-TNT	BUSTER 2.8.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
DENZO		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9215 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: PROGRAMS BUCCANEER, PHENIX, REFMAC, COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING REFINEMENT. FOR THIS STRUCTURE, CROSS-VALIDATION IS SUBJECT TO LARGE VARIATIONS IN RFREE, DEPENDING ON ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2313	1020	4.92 %	RANDOM
R_work	0.2265	-	-	-
obs	0.2267	20742	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.37 Å² / B_iso mean: 74.5335 Å² / B_iso min: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.703 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.703 Å²	0 Å²
3-	-	-	21.406 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.462 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2018	0	29	0	2047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	732	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	49	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	307	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2050	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	264	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2325	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2050	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2763	2	0.98
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion			2.3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion			18.32

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2901	148	5.12 %
R_work	0.2448	2743	-
all	0.2471	2891	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.1856	0.0463	-1.0947	0.4004	-0.1942	1.4166	0.0035	-0.055	-0.0672	0.0241	-0.01	-0.0252	-0.0047	-0.0322	0.0065	0.121	-0.0042	0.0608	0.2794	0.1986	-0.2397	27.7619	-1.0248	86.9533
2	0.4935	-0.1131	-0.2719	-0.2951	-0.0593	2.3327	-0.1329	-0.0593	0.0284	0.0935	0.0453	-0.027	0.0122	0.2332	0.0876	0.0626	-0.1033	0.0206	-0.0735	0.1873	-0.0068	44.9296	7.1049	53.0139
3	0.0156	-0.279	0.3618	0.9302	-2.8617	6.6751	-0.1051	-0.1435	0.0594	0.0769	-0.2023	-0.1646	-0.367	0.4165	0.3074	0.0775	-0.2007	-0.0137	0.1476	0.1676	-0.0637	45.4472	2.1268	74.1387
4	0.3393	-0.2107	0.2703	-0.2879	-0.6426	2.7873	-0.1389	-0.2522	0.0332	0.132	0.1073	-0.0434	-0.4395	0.0697	0.0316	0.1945	-0.0778	-0.0793	0.0529	0.0549	-0.0854	39.6426	0.9605	85.7061
5	-0.8671	-0.1358	-1.2374	3.0718	0.3656	1.2723	0.0461	-0.002	0.1076	-0.033	-0.131	-0.0277	-0.0442	-0.1109	0.085	0.211	0.0389	0.0055	-0.0078	0.1099	-0.2399	41.3354	25.8725	8.8544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|80 - 90}	A	80 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|91 - 143}	A	91 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|144 - 233}	A	144 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|247 - 338}	A	247 - 338
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|339 - 352}	A	339 - 352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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