PDB-3qwd: Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qwd

タイトル

Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / caseinolytic protease / ClpP / serin-protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Geiger, S.R. / Boettcher, T. / Sieber, S.A. / Cramer, P.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: A Conformational Switch Underlies ClpP Protease Function.
著者: Geiger, S.R. / Bottcher, T. / Sieber, S.A. / Cramer, P.

履歴

登録	2011年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qwd.cif.gz	1002.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qwd.ent.gz	846.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5g1q-1 4jct-1 6x60-1 4mxi-1 1yg8-2 1tyf-d 7950 6vgk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

316 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
316 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.048, 177.974, 100.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 22578.680 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: clpP, SAOUHSC_00790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q2G036, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月18日
放射	モノクロメーター: PILATUS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 179364 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 47.28 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→88.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9519 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2261	8978	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2076	-	-	-
all	0.2086	-	-	-
obs	0.2086	179163	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.2844 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9644 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.405 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→88.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19927	0	7	293	20227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	20396	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	27574	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	7365	2
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.92
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.89
X-RAY DIFFRACTION	xx	0	2885	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	23303	4

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	658	5.05 %
R_work	0.2617	12374	-
all	0.2618	13032	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2467	-1.3132	0.1744	3.9157	0.0727	1.0542	-0.2162	0.1258	0.5427	0.4981	0.0899	-0.3663	-0.1337	0.0439	0.1263	-0.0354	-0.0514	-0.0529	-0.21	0.0856	-0.0107	46.3518	32.9925	51.6806
2	3.6172	0.4147	-0.3969	2.5895	-0.2271	1.6969	0.0213	0.0078	0.5442	0.1685	0.1442	-0.2247	-0.0019	0.1327	-0.1654	-0.1109	-0.085	-0.152	-0.304	0.1246	0.304	71.2987	42.5492	49.7041
3	2.1305	0.4059	-0.6349	4.1264	-1.1347	1.2412	0.0572	-0.0449	-0.0768	0.0943	0.1526	-0.0745	-0.0611	-0.1852	-0.2098	-0.2845	0.0156	-0.152	-0.304	0.0668	0.304	79.4216	67.2103	43.8871
4	2.6367	-0.1105	-0.4662	2.7502	-0.522	1.2483	0.0156	0.002	-0.0478	0.0872	0.0451	-0.3384	-0.0625	-0.1778	-0.0607	-0.2031	0.0131	-0.141	-0.2093	0.0032	0.285	63.628	89.0091	37.7094
5	3.5707	0.8361	0.8691	3.0185	-0.2895	1.6181	-0.0276	-0.0381	-0.0226	0.0174	0.0526	0.0437	0.067	-0.2082	-0.0251	-0.1019	0.0206	-0.0412	-0.1574	-0.0322	0.0073	37.0631	90.921	36.8385
6	2.2326	0.8847	0.9406	5.6465	-0.219	1.521	-0.0055	-0.195	-0.1303	0.5442	0.0815	0.5442	0.0579	-0.2076	-0.076	-0.1823	0.0036	0.1017	-0.2287	0.032	0.1308	18.2231	71.4347	41.3437
7	2.0448	-0.5351	0.3595	5.6009	-0.1821	0.8276	-0.0887	0.0327	0.0457	0.5442	0.1329	0.0642	-0.0877	-0.018	-0.0442	-0.1001	0.0134	0.152	-0.2433	0.0704	0.0897	22.9313	45.7102	48.3247
8	1.7402	-0.7267	0.2196	3.3346	-0.2038	2.0522	0.0705	-0.1215	0.0834	0.4609	0.0226	-0.4971	-0.3241	-0.0301	-0.0931	-0.0352	-0.0473	-0.152	-0.1997	-0.0369	-0.0032	156.116	58.3884	89.2022
9	2.0368	0.1187	0.1991	2.2194	-0.3455	2.0644	0.1098	0.0087	-0.1171	0.3165	0.008	0.1638	-0.0707	-0.1249	-0.1177	0.0916	-0.0084	0.013	-0.1789	-0.0565	-0.069	129.515	65.2708	86.7751
10	2.471	1.49	0.9279	2.0407	-0.0928	1.575	0.0433	-0.3674	0.0103	0.4286	0.0973	0.4557	-0.1826	-0.3338	-0.1405	-0.0643	0.0743	0.152	-0.1943	0.0123	0.1371	107.548	49.1002	91.0453
11	2.0467	-0.015	-0.2086	3.5475	-0.1932	1.0761	0.2057	-0.09	0.0425	0.5442	-0.1005	0.0352	0.1111	-0.1342	-0.1052	-0.033	0.047	0.152	-0.2229	0.0339	0.0909	106.656	22.8148	97.9483
12	2.734	-0.2653	0.1261	4.0452	0.4678	1.6517	0.1437	0.0277	0.4226	0.5442	-0.0091	-0.2547	-0.04	0.0477	-0.1346	0.1057	0.0106	0.0524	-0.218	0.0996	-0.1185	127.734	6.0047	101.718
13	3.5283	1.175	-0.2792	4.3031	-0.0852	1.4142	0.1697	-0.1385	-0.0372	0.5442	-0.0562	-0.5442	-0.1399	0.2193	-0.1135	-0.1273	-0.0022	-0.152	-0.2796	0.1332	0.0964	154.208	11.4227	100.057
14	2.6227	-0.1502	0.3085	3.1791	-0.3135	1.8684	0.1349	-0.3168	-0.2562	0.5442	-0.0941	-0.5442	-0.4707	0.3654	-0.0408	-0.1474	-0.1011	-0.152	-0.2551	0.0049	0.1789	166.599	34.829	93.946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|*}	A	3 - 194
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|*}	B	3 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|*}	C	3 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|*}	D	3 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|*}	E	3 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|*}	F	4 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{G\|*}	G	3 - 193
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{H\|*}	H	3 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{I\|*}	I	3 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{J\|*}	J	3 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{K\|*}	K	3 - 193
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{L\|*}	L	3 - 193
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{M\|*}	M	3 - 194
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{N\|*}	N	3 - 193

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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