PDB-3qwb: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Zeta-crystallin-lik...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qwb

タイトル

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Zeta-crystallin-like quinone oxidoreductase Zta1 complexed with NADPH

要素

Probable quinone oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / quinone oxidoreductases / NADPH / cytoplasm and nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH:quinone reductase / 2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity / quinone reductase (NADPH) activity / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / NADPH binding / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Ma, X.X. / Bao, Z.Z. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the cofactor-assisted substrate recognition of yeast quinone oxidoreductase Zta1
著者: Guo, P.C. / Ma, X.X. / Bao, Z.Z. / Ma, J.D. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.

履歴

登録	2011年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qwb.cif.gz	552.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qwb.ent.gz	458 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qwb_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qwb_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3qwb_validation.xml.gz	66.7 KB	表示
CIF形式データ	3qwb_validation.cif.gz	99.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qwaC 1qorS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qor-d 6a7w-d 3jyl-1 4rvu-2 4rvu-1 20202 3jyn-1 4b7c-2 4b7x-4 3l9k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable quinone oxidoreductase

B: Probable quinone oxidoreductase

C: Probable quinone oxidoreductase

D: Probable quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable quinone oxidoreductase

B: Probable quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Probable quinone oxidoreductase

D: Probable quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.961, 75.362, 182.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable quinone oxidoreductase / NADPH:quinone reductase / NADPH-dependent quinone reductase 分子量: 37063.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: YBR0421, YBR046C, ZTA1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38230, NADPH:quinone reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 190318 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.67
反射シェル	解像度: 1.59→1.61 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 6.05 / Num. unique all: 8502 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QOR

1qor

解像度: 1.59→35.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 3.186 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21133	9637	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18774	-	-	-
obs	0.18894	180675	97.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.774 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→35.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10340	0	222	1627	12189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	10781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.28	2.012	14605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.724	5	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.712	24.766	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.326	15	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.007	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.67	1.5	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.107	2	10564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.323	3	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.267	4.5	4041

LS精密化シェル

解像度: 1.593→1.634 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	654	-
R_work	0.23	12496	-
obs	-	-	91.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0717	0.0451	-0.0565	0.1355	-0.0543	0.1108	0.0007	0.0047	0.0036	-0.0109	0.0091	0.0157	0.0083	-0.007	-0.0098	0.0019	-0.0008	-0.0019	0.0007	0.0012	0.0024	19.2986	0.2328	66.6273
2	0.5238	-0.5744	-0.2317	0.6347	0.2467	0.3644	-0.0027	0.0013	0.0491	0.0049	0.0041	-0.0498	0.025	-0.0122	-0.0013	0.0034	0.0013	0.0032	0.0055	0.0038	0.0114	27.6447	-1.7534	66.7536
3	0.0864	0.042	-0.0365	0.0624	-0.0183	0.0748	-0.003	-0.004	0.0001	-0.0055	-0.0011	-0.0008	-0.0027	0.0038	0.0041	0.0008	-0.0001	0.0001	0.0003	0.0001	0.0025	35.625	38.522	72.793
4	0.4898	-0.3031	-0.4603	0.2993	0.297	0.7927	-0.0221	0.0015	0.0184	0.0066	0.015	-0.0025	0.0337	-0.015	0.0071	0.0023	-0.0016	0.0003	0.003	0.0005	0.0053	33.68	36.455	80.869
5	0.094	-0.0774	0.0521	0.0872	-0.0581	0.1367	-0.0042	-0.003	-0.0081	0.0066	0.0036	0.0074	-0.0129	-0.0108	0.0006	0.0077	-0.0002	0.0002	0.0011	-0.0002	0.001	18.7941	26.5185	24.4121
6	0.0876	0.1279	0.2296	0.5961	0.3961	0.6124	-0.0077	-0.0063	-0.0035	-0.0101	0.0154	-0.0026	-0.0247	-0.0117	-0.0077	0.0108	-0.0024	-0.0013	0.0028	0.0009	0.0004	27.0954	28.4322	25.3639
7	0.0749	-0.0444	0.034	0.0426	-0.0523	0.2026	-0.0004	0	-0.0066	0.0006	-0.0056	0.0074	0.0116	0.0243	0.006	0.0018	0.0011	0.0017	0.0034	0.0005	0.0034	36.679	-11.543	19.448
8	0.1816	0.0353	0.0285	0.1208	0.4386	1.6511	0.0021	-0.0014	-0.0129	-0.0204	-0.0044	-0.0015	-0.0802	-0.0183	0.0023	0.0114	0.0022	-0.0009	0.0007	-0.0001	0.001	36.023	-9.189	11.204
9	0.0007	-0.0028	0.0015	0.0183	-0.014	0.0137	0.0011	-0.0003	-0.001	-0.0047	0.001	0.0038	0.0015	-0.0003	-0.0021	0.0028	-0.0003	-0.0011	0.0004	0.0008	0.002	26.824	14.654	48.118
10	29.7406	-24.5485	-20.6425	20.2715	17.0361	14.3284	-0.0113	-0.252	0.2407	-0.0101	0.1892	-0.1968	0.0042	0.1775	-0.1779	0.0202	0.0069	-0.0033	0.0171	0.0009	0.0082	23.5343	24.0433	18.6994
11	0.8122	4.4318	-1.1764	24.1825	-6.4192	1.704	0.0078	0.0102	0.0422	0.0469	0.0538	0.2292	-0.0125	-0.0145	-0.0616	0.0007	-0.0008	-0.0015	0.0095	0.0055	0.009	38.389	31.76	75.207
12	21.9021	21.762	13.7543	21.6229	13.6664	8.6377	-0.0551	0.1641	-0.106	-0.0345	0.142	-0.1062	-0.0218	0.1019	-0.0869	0.0081	-0.0044	-0.001	0.0183	0.011	0.0091	23.3458	2.8066	72.7665
13	15.5672	-17.6997	-0.895	20.126	1.0189	0.0525	0.1604	0.1126	-0.225	-0.2111	-0.148	0.2496	-0.015	-0.006	-0.0124	0.0405	-0.0123	0.0152	0.0204	-0.0018	0.0362	26.4582	-18.7576	63.0063
14	0.7011	1.4253	5.0388	2.8976	10.2437	36.2136	-0.0262	0.0104	0.0001	-0.0574	0.0232	0.0003	-0.2032	0.0743	0.0029	0.0054	0.0059	0.0036	0.0117	-0.0003	0.0187	39.828	-4.363	17.177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	5 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	5 - 334
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	335
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	5 - 334
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	335
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	338 - 1627
10	X-RAY DIFFRACTION	9	B	337 - 1624
11	X-RAY DIFFRACTION	9	C	337 - 1623
12	X-RAY DIFFRACTION	9	D	337 - 1626
13	X-RAY DIFFRACTION	10	C	336
14	X-RAY DIFFRACTION	11	B	336
15	X-RAY DIFFRACTION	12	A	336
16	X-RAY DIFFRACTION	13	A	337
17	X-RAY DIFFRACTION	14	D	336

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)