PDB-3qw2: L-myo-inositol 1-phosphate synthase from Archaeoglobus mutant N255A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qw2

タイトル

L-myo-inositol 1-phosphate synthase from Archaeoglobus mutant N255A

要素

Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

キーワード

ISOMERASE / L-myo-inositol 1-phosphate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-3-phosphate synthase activity / inositol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Neelon, K. / Roberts, M.F. / Stec, B.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a trapped catalytic intermediate suggests that forced atomic proximity drives the catalysis of mIPS.
著者: Neelon, K. / Roberts, M.F. / Stec, B.

履歴

登録	2011年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2022年12月7日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qw2.cif.gz	620 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qw2.ent.gz	515.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qvsC 3qvtC 3qvwC 3qvxC 1u1iS 1rm0 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qvs-1 3qvx-1 3qvw-1 3qvt-1 1u1i-d 5xdc-d 3x0y-2 3cin-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

B: Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

C: Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

D: Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.512, 88.036, 103.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 392 / Label seq-ID: 1 - 392

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1) / mIPS 分子量: 43724.133 Da / 分子数: 4 / 変異: N255A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF1794, AF_1794 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28480, inositol-3-phosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 507分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 14% PEG400, 15% PEG1500, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月11日 / 詳細: Osmic Blue
放射	モノクロメーター: Osmic Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→103.14 Å / Num. all: 49303 / Num. obs: 46724 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.59→2.64 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CNS		精密化
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U1I

1u1i

解像度: 2.59→103.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 29.863 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26735	2506	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18466	-	-	-
obs	0.18896	46724	96.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.61 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→103.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12324	0	251	486	13061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	12858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.992	17394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.534	5	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.513	24.328	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.235	15	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.967	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	7286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	8725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.217	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.594	1.5	7776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.091	2	12464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.458	3	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.365	4.5	4930
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3081 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.44	0.5
B	medium positional	0.41	0.5
C	medium positional	0.43	0.5
D	medium positional	0.52	0.5
A	medium thermal	0.63	2
B	medium thermal	0.63	2
C	medium thermal	0.64	2
D	medium thermal	0.67	2

LS精密化シェル

解像度: 2.593→2.66 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	182	-
R_work	0.292	3362	-
obs	-	-	94.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3201	0.5048	-0.2309	1.4888	-0.327	1.3171	0.1408	-0.1768	0.0243	0.2953	-0.0815	0.0089	-0.0884	-0.0842	-0.0593	0.1595	0.009	0.0999	0.1588	0.006	0.1016	0.0586	14.3077	50.4452
2	1.3639	0.4829	0.492	1.0714	-0.1147	0.2846	0.1481	-0.2255	-0.0351	0.2044	-0.0912	0.1232	0.0059	-0.1234	-0.0569	0.1433	-0.0073	0.0038	0.1791	0.0065	0.1614	10.228	-4.0419	32.0981
3	1.1177	0.6959	0.9024	1.309	0.5547	2.1366	-0.0554	-0.0835	0.0151	0.0346	0.1204	0.0878	-0.0182	-0.2208	-0.065	0.087	0.0386	0.07	0.1782	0.034	0.1782	-7.6724	9.8936	34.8005
4	1.206	-0.2954	-0.0954	1.4739	-0.3575	1.416	0.1247	0.317	-0.0362	-0.4125	-0.0823	0.0269	0.1081	-0.1136	-0.0423	0.189	0.023	-0.0673	0.2014	-0.0432	0.0932	3.0585	-9.4342	-6.904
5	0.5833	0.0465	-0.1512	1.067	0.0204	0.5947	0.093	0.0945	-0.028	-0.2104	-0.0934	0.0592	-0.092	-0.1113	0.0004	0.1318	0.0328	0.0038	0.1461	-0.011	0.1321	13.1375	6.4044	13.4057
6	1.0914	-0.3852	0.8075	1.8579	0.8964	1.7083	0.0797	0.0264	-0.0779	-0.0513	-0.0759	0.2188	0.0267	-0.3191	-0.0038	0.0685	0.0173	-0.042	0.2918	0.0304	0.201	-6.4362	-3.604	7.0357
7	0.7797	0.2278	0.3942	0.9927	-0.1335	1.9411	0.0789	-0.0277	-0.0809	0.0716	-0.0054	-0.0262	0.2258	-0.0147	-0.0735	0.1131	0.0336	-0.0389	0.0181	-0.0154	0.108	36.9555	-31.4769	33.6784
8	1.0698	-0.1264	0.3661	0.4622	-0.0335	0.4718	0.1272	-0.1401	-0.1041	0.2315	-0.0024	-0.073	0.0785	-0.0066	-0.1248	0.1844	-0.0182	-0.0222	0.1036	0.0239	0.114	29.3249	-5.0108	34.5437
9	2.0888	-0.2885	0.6404	1.8773	-0.4291	0.5866	0.0968	-0.0117	-0.0842	0.041	-0.0622	-0.2313	-0.0169	0.1081	-0.0346	0.0696	0.0089	-0.0265	0.133	-0.0137	0.1559	47.4821	-17.675	29.4125
10	0.9051	0.0849	-0.3386	0.8881	-0.7991	2.4034	0.0442	-0.0078	0.0218	0.1385	-0.0962	-0.138	-0.2166	0.0192	0.0519	0.0959	-0.043	-0.0035	0.0292	0.0006	0.0885	44.5665	28.3263	18.0516
11	1.1128	-0.6572	-0.2284	0.549	0.4113	0.7385	0.1516	0.1123	0.1822	-0.1834	-0.0554	-0.199	-0.1571	0.0209	-0.0962	0.1799	0.0132	0.0487	0.0929	0.0141	0.1482	31.9244	3.4523	14.724
12	1.1174	0.0746	-0.9063	0.9036	0.0092	0.8193	-0.0496	-0.0492	-0.0404	0.0256	-0.0609	-0.215	0.0557	0.1039	0.1105	0.0875	-0.0096	-0.0045	0.1098	0.0535	0.2041	51.0798	12.4405	23.5208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 227
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	228 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	331 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	228 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	331 - 392
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	228 - 330
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	331 - 392
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	228 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	331 - 392

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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