ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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SCALA | 3.3.16データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | REFMAC | 5.5.0109精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | MOSFLM | | データ削減 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→42.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.498 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2862 | 1258 | 7.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.242 | - | - | - |
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obs | 0.2453 | 17117 | 99.16 % | - |
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all | - | 17262 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 81.02 Å2 / Biso mean: 36.418 Å2 / Biso min: 11.82 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.44 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.44 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.88 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.51 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3284 | 0 | 217 | 23 | 3524 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.025 | 0.023 | 3632 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.805 | 2.106 | 4912 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.589 | 5 | 420 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg46.711 | 26.585 | 164 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg20.412 | 15 | 588 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg4.329 | 15 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.112 | 0.2 | 500 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.009 | 0.021 | 2760 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.663 | 1.5 | 2132 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.315 | 2 | 3384 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.493 | 3 | 1500 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.639 | 4.5 | 1528 | | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 821 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION Dom-ID | Auth asym-ID | タイプ | Rms dev position (Å) | Weight position |
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1 | ATIGHT POSITIONAL0.08 | 0.05 | 2 | BTIGHT POSITIONAL0.07 | 0.05 | 3 | CTIGHT POSITIONAL0.11 | 0.05 | 4 | DTIGHT POSITIONAL0.07 | 0.05 | 1 | ATIGHT THERMAL0.16 | 0.5 | 2 | BTIGHT THERMAL0.15 | 0.5 | 3 | CTIGHT THERMAL0.16 | 0.5 | 4 | DTIGHT THERMAL0.15 | 0.5 | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.46 | 106 | - |
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Rwork | 0.319 | 1142 | - |
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all | - | 1248 | - |
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obs | - | - | 97.42 % |
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