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- PDB-3qvq: The structure of an Oleispira antarctica phosphodiesterase OLEI02... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qvq
タイトルThe structure of an Oleispira antarctica phosphodiesterase OLEI02445 in complex with the product sn-glycerol-3-phosphate
要素Phosphodiesterase Olei02445
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta hydrolase
機能・相同性Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Oleispira antarctica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Singer, A.U. / Kagan, O. / Evdokimova, E. / Cuff, M.E. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of an Oleispira antarctica phosphodiesterase OLEI02445 in complex with the product sn-glycerol-3-phosphate
著者: Singer, A.U. / Kagan, O. / Evdokimova, E. / Cuff, M.E. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase Olei02445
B: Phosphodiesterase Olei02445
C: Phosphodiesterase Olei02445
D: Phosphodiesterase Olei02445
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,37151
ポリマ－112,1724
非ポリマー2,19847
水16,592921
1
A: Phosphodiesterase Olei02445
D: Phosphodiesterase Olei02445
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,19026
ポリマ－56,0862
非ポリマー1,10424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
2
B: Phosphodiesterase Olei02445
ヘテロ分子

C: Phosphodiesterase Olei02445
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,18025
ポリマ－56,0862
非ポリマー1,09423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y+1/2,-z+1/21
Buried area5160 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.861, 92.717, 125.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Phosphodiesterase Olei02445


分子量: 28043.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleaved
由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア)
遺伝子: OLEI02445 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: glycerophosphocholine phosphodiesterase

-
非ポリマー , 8種, 968分子

#2: 化合物
ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 25% PEG3350, cocrystallized with 2.5mM Glycero-3Phosphocholine, and cryoprotected with Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.259 Å / Num. all: 123770 / Num. obs: 122939 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 31.893
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 5694 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 1.602→37.259 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2011 11860 5.04 %random
Rwork0.1724 ---
obs0.1738 235396 98.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.945 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4442 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.9223 Å20 Å2
3----2.5219 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→37.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7803 0 101 921 8825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99311553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1582997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6025-1.65970.243110850.2054210792216493
1.6597-1.72620.241511990.1948224532365299
1.7262-1.80480.21711590.1818225212368099
1.8048-1.89990.211412200.1701224872370799
1.8999-2.01890.193912530.16072261723870100
2.0189-2.17480.188211480.15332261623764100
2.1748-2.39360.190111470.162264023787100
2.3936-2.73990.204512240.1741226052382999
2.7399-3.45160.196711480.174224962364499
3.4516-37.26940.183312770.1629220222329998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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