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- PDB-3qvn: Crystal Structure of cytosolic MnSOD3 from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qvn
タイトルCrystal Structure of cytosolic MnSOD3 from Candida albicans
要素Manganese-containing superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mn Superoxide Dismutase
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sheng, Y. / Cascio, D. / Valentine, J.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Comparison of two yeast MnSODs: mitochondrial Saccharomyces cerevisiae versus cytosolic Candida albicans.
著者: Sheng, Y. / Stich, T.A. / Barnese, K. / Gralla, E.B. / Cascio, D. / Britt, R.D. / Cabelli, D.E. / Valentine, J.S.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Manganese-containing superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8172
ポリマ－22,7621
非ポリマー551
水39622
1
A: Manganese-containing superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Manganese-containing superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Manganese-containing superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Manganese-containing superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2668
ポリマ－91,0474
非ポリマー2204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area10200 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.134, 77.134, 120.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Manganese-containing superoxide dismutase / Putative uncharacterized protein CaJ7.0018


分子量: 22761.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: CaJ7.0018, SOD3 / プラスミド: pVT102U / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): EG110 / 参照: UniProt: Q96UT6
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M NaCl, 0.1M Trisodium Citrate, 30% PEG 400, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月19日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.654 Å / Num. obs: 6933 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 36.4 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.6938.20.7436700.9031100
2.69-2.838.50.6496790.9471100
2.8-2.9338.80.4856761.0121100
2.93-3.0838.90.3866791.125199.9
3.08-3.2838.40.2626751.063199.7
3.28-3.5337.70.2126971.124199.9
3.53-3.88370.1686861.131199.1
3.88-4.4533.70.1326861.01197.4
4.45-5.6330.1086990.99197.1
5.6-44.6530.70.0817860.969197.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.38 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å44.65 Å
Translation2.6 Å44.65 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LSU

3lsu


解像度: 2.6→44.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7527 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2726 317 4.78 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.2145 6626 95.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.392 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 134.74 Å2 / Biso mean: 52.2936 Å2 / Biso min: 24.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9167 Å2-0 Å2-0 Å2
2--11.9167 Å2-0 Å2
3----23.8334 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 1 22 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6872223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.284569
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.690.41211620.27422967312993
3.277-44.66050.22181550.1893342349797
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.5306 Å / Origin y: 19.0058 Å / Origin z: 65.6845 Å
111213212223313233
T0.3398 Å2-0.0708 Å20.0001 Å2-0.2791 Å2-0.0171 Å2--0.2816 Å2
L0.3433 °20.245 °2-0.0814 °2-0.1838 °2-0.1084 °2--0.2901 °2
S-0.0159 Å °0.1132 Å °-0.0048 Å °0.0027 Å °0.0007 Å °0.0167 Å °0.0806 Å °-0.0046 Å °0.0135 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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