PDB-3qv2: Structure Analysis of Entamoeba histolytica methyltransferase EhMeth

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qv2

タイトル

Structure Analysis of Entamoeba histolytica methyltransferase EhMeth

要素

5-cytosine DNA methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / DNMT2 / EhMeth

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / methylation / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Schulz, E.C. / Roth, H.M. / Ankri, S. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Entamoeba histolytica Methyltransferase
著者: Schulz, E.C. / Roth, H.M. / Ankri, S. / Ficner, R.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qv2.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qv2.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qv2_validation.pdf.gz	701.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qv2_full_validation.pdf.gz	703.9 KB	表示
XML形式データ	3qv2_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	3qv2_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7d4u-d 6csj-5 6csj-3 6f0a-1 6e44-4 3ot9-1 2d0u-2 7a62-1 2wwu-d 2q1z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 5-cytosine DNA methyltransferase

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.970, 46.970, 303.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	5-cytosine DNA methyltransferase / DNA (Cytosine-5)-methyltransferase 分子量: 37874.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: meth, EHI_069140 / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6Q386, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M MES, 22% PEG 8000 (w/v), 0.2 M (NH4)2SO4, pH 6,5, vapor diffusion, temperature 298K PH範囲: 6,5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.981 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.981 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 19536 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.99

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.2	0.515	2.46	1	99.9
2.2-2.3	0.438	2.9	1	99.6
2.3-2.5	0.312	3.91	1	99.7
2.5-3.32	0.127	8.65	1	99.6
3.32-3.73	0.056	18.19	1	98.9
3.73-4.14	0.043	22.98	1	99.2
4.14-4.55	0.036	25.97	1	98.7
4.55-14	0.034	26.62	1	96.4
14-17	0.019	37.69	1	81.6
17-50	0.031	35.12	1	83.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→46.416 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	1098	5.93 %
R_work	0.2183	-	-
obs	0.2212	18527	94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 19.534 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4122 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.4122 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.283 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2616	0	41	224	2881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.614	3680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.517	1058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2479	0.3354	113	0.2801	1940	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2479-2.3664	0.3429	130	0.2728	2030	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3664-2.5146	0.3122	131	0.2602	2064	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5146-2.7088	0.2803	135	0.2489	2146	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7088-2.9813	0.2619	140	0.2276	2225	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9813-3.4126	0.3154	145	0.2192	2260	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4126-4.2991	0.2103	147	0.1843	2319	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2991-46.4273	0.2337	157	0.1865	2445	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0072	0.0026	0.0028	0.0059	-0.0037	0.0102	0.0059	-0.0011	0.0154	0.0001	-0.0047	0.0099	-0.0298	-0.016	-0.0052	0.1573	0.0948	0.0928	-0.0611	-0.0057	-0.0762	6.7963	-17.4466	29.0402
2	0.0219	0.0147	-0.002	0.0106	-0.0036	-0.0002	0.0253	-0.0337	0.0161	0.0025	0.0164	-0.0328	-0.0347	0.0273	-0.0154	0.1461	-0.0824	0.025	-0.0257	0.1006	-0.0771	20.236	-19.0189	29.4757
3	0.0207	-0.0123	-0.0239	0.0403	0.0376	0.0415	-0.0061	0.025	-0.0231	0.0045	-0.0361	0.0003	-0.0565	-0.0015	0.0327	0.1249	0.0725	0.0234	0.0577	-0.0095	0.0571	16.6621	-32.9712	18.7314
4	0.058	-0.0538	-0.0512	0.0995	0.0376	0.0458	0.0578	0.0157	-0.0527	-0.0749	0.0189	-0.0298	-0.0259	-0.0209	-0.0278	0.1048	0.0614	-0.038	-0.0721	0.1054	0.0019	6.0195	-32.159	23.4349
5	0.0111	0.0028	0.0392	0.0007	0.0089	0.1348	-0.0049	-0.0164	0.0111	-0.0071	0.0105	0.0059	0.0015	-0.0788	0.0006	0.348	0.1775	0.1038	0.2451	0.0537	0.1181	-3.7204	-12.0425	11.3288
6	0.0051	0.0072	-0.0031	0.0221	0.0073	0.019	0.0198	0.0011	0.0123	0.0011	0.0123	0.0125	-0.0481	-0.0238	-0.0128	0.3372	0.122	0.1046	0.101	0.0136	0.0634	11.969	-8.7657	-4.2641
7	0.0096	0.0033	-0.0185	0.0167	0.0066	0.0454	0.0293	0.0092	-0.0161	-0.0193	-0.0105	-0.0039	-0.0348	-0.0256	-0.0128	0.1825	0.1107	0.0335	0.0537	0.0941	0.0275	12.1662	-13.8402	0.3907
8	0.1219	-0.0891	-0.137	0.065	0.1002	0.1542	-0.0022	-0.0005	-0.005	0.0165	0.0357	0.0037	-0.0006	-0.0051	-0.0307	0.3783	0.2343	-0.1394	0.5456	-0.0566	0.3089	0.6094	-9.8852	-8.9787
9	0.3681	0.0083	0.069	2.5238	-1.481	0.8839	-0.0379	0.0378	0.0073	0.1008	0.0264	0.0129	0.165	0.0906	0.0169	0.337	0.0788	0.0935	0.1871	0.0909	0.1237	10.6392	-8.1409	-14.3703
10	0.0004	0.0022	-0.0015	0.0074	-0.0025	0.0007	0.0188	-0.0045	0.0122	0.0023	-0.0012	-0.0025	-0.017	-0.0033	-0.0125	0.381	0.0783	0.1086	0.04	0.0029	0.0205	9.9589	-7.7917	11.497
11	0.0708	-0.0213	-0.0392	0.0586	-0.0184	0.0912	0.0257	-0.0055	0.039	-0.0343	0.0483	-0.0191	-0.1287	0.0237	-0.0237	0.2124	0.0519	0.0405	0.0192	0.0535	0.0154	11.0189	-14.9736	16.8625
12	0.0538	-0.0203	-0.0339	0.0076	0.0128	0.0213	0.0054	-0.0155	-0.0037	-0.0101	0.0136	0.0076	0.0155	-0.0032	-0.0156	0.1527	0.0409	-0.0699	0.2372	-0.0448	0.105	-7.4518	-23.9491	33.8732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 32:70)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 71:101)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 102:180)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 181:196)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 197:226)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 227:249)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 250:254)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 255:266)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 267:285)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 286:317)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 318:322)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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