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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qu9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaomicron, asp13asn mutant complexed with magnesium and tartrate | ||||||
![]() | INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PYROPHOSPHATASE / MAGNESIUM BIN NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / PSI-2 / Protein Structure Initiative / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patskovsky, Y. / Huang, H. / Toro, R. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Divergence of Structure and Function in the Haloacid Dehalogenase Enzyme Superfamily: Bacteroides thetaiotaomicron BT2127 Is an Inorganic Pyrophosphatase. 著者: Huang, H. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Farelli, J.D. / Pandya, C. / Almo, S.C. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qu2SC ![]() 3qu4C ![]() 3qu5C ![]() 3qu7C ![]() 3qubC ![]() 3qucC ![]() 3quqC ![]() 3qutC ![]() 3qx7C ![]() 3qxgC ![]() 3qypC ![]() 3r9kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27006.891 Da / 分子数: 1 / 変異: D13N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BT_2127 / 参照: UniProt: Q8A5V9, inorganic diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 114分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#3: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M POTASSIUM SODIUM TARTRATE, PH 8.0, 100MM IMIDAZOLE, 200MM SODIUM CHLORIDE, 5MM MAGNESIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→40 Å / Num. obs: 27292 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 37.927 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3QU2 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.899 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.394 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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