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万見
- PDB-3qu6: Crystal structure of IRF-3 DBD free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qu6
タイトルCrystal structure of IRF-3 DBD free form
要素IRF3 protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helix-turn-helix / Gene regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon production / positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / chromatin => GO:0000785 / regulation of type I interferon production / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression ...type I interferon production / positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / chromatin => GO:0000785 / regulation of type I interferon production / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / mRNA transcription / negative regulation of type I interferon production / toll-like receptor 4 signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / DNA-binding transcription activator activity / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / immune system process / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / type II interferon-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / viral process / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / promoter-specific chromatin binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / ISG15 antiviral mechanism / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interferon alpha/beta signaling / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / innate immune response / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者De Ioannes, P.E. / Escalante, C.R. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structures of apo IRF-3 and IRF-7 DNA binding domains: effect of loop L1 on DNA binding.
著者: De Ioannes, P. / Escalante, C.R. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2011年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IRF3 protein
B: IRF3 protein
C: IRF3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,15422
ポリマ－40,2483
非ポリマー90619
水2,720151
1
A: IRF3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,86611
ポリマ－13,4161
非ポリマー44910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IRF3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6055
ポリマ－13,4161
非ポリマー1894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: IRF3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6836
ポリマ－13,4161
非ポリマー2675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.908, 64.908, 157.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-140-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 IRF3 protein


分子量: 13416.160 Da / 分子数: 3 / 断片: DNA Binding Domain / 変異: L84M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: Pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLyS / 参照: UniProt: Q7Z5G6, UniProt: Q14653*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% PEG 1K, 100 mM NaAc, 300 mM ZnCl2, 8% cadaverine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.384 Å / Num. all: 25580 / Num. obs: 25580 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 27.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PI0

2pi0


解像度: 2.3→38.384 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: 23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 892 5.09 %
Rwork0.2132 --
obs0.2157 17521 98.4 %
all-17524 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.471 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5341 Å20 Å20 Å2
2---0.5341 Å2-0 Å2
3---1.0681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 19 151 2539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1923362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.846891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.44420.33571350.26312757X-RAY DIFFRACTION100
2.4442-2.63290.33621560.26972746X-RAY DIFFRACTION99
2.6329-2.89780.36851600.24092731X-RAY DIFFRACTION99
2.8978-3.31690.25391590.23292754X-RAY DIFFRACTION99
3.3169-4.17810.2231490.18722749X-RAY DIFFRACTION97
4.1781-38.38940.22331330.19112892X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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