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- PDB-3qu3: Crystal structure of IRF-7 DBD apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qu3
タイトルCrystal structure of IRF-7 DBD apo form
要素Interferon regulatory factor 7
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helix-turn-helix / Gene regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / regulation of adaptive immune response / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / regulation of adaptive immune response / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / immune system process / regulation of innate immune response / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / immunoglobulin mediated immune response / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of interferon-beta production / regulation of gene expression / defense response to virus / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者De Ioannes, P.E. / Escalante, C.R. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structures of apo IRF-3 and IRF-7 DNA binding domains: effect of loop L1 on DNA binding.
著者: De Ioannes, P. / Escalante, C.R. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2011年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32012年2月1日Group: Refinement description
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 7
B: Interferon regulatory factor 7
C: Interferon regulatory factor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,30210
ポリマ－46,9853
非ポリマー3177
水5,170287
1
A: Interferon regulatory factor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6852
ポリマ－15,6621
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Interferon regulatory factor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8715
ポリマ－15,6621
非ポリマー2094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Interferon regulatory factor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7473
ポリマ－15,6621
非ポリマー852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.588, 68.588, 68.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 7 / IRF-7


分子量: 15661.511 Da / 分子数: 3 / 断片: DNA Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Irf7 / プラスミド: Pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLyS / 参照: UniProt: P70434
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 19% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.001
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL SAGITTAL FOCUSING MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.001 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.381
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 85736 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O61

2o61


解像度: 1.3→29.7 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 2027 2.37 %
Rwork0.161 --
obs0.169 85702 96.7 %
all-85702 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.1 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3678 Å2-0 Å20 Å2
2---0.3678 Å2-0 Å2
3---0.7357 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2885 0 19 287 3191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0294130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4691110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.33440.42061440.43975848X-RAY DIFFRACTION92
1.3344-1.37050.47321440.40965837X-RAY DIFFRACTION92
1.3705-1.41080.38321360.36365807X-RAY DIFFRACTION93
1.4108-1.45630.31611440.33115852X-RAY DIFFRACTION93
1.4563-1.50840.31981430.28765931X-RAY DIFFRACTION93
1.5084-1.56880.23891420.26875901X-RAY DIFFRACTION94
1.5688-1.64020.26411340.25865944X-RAY DIFFRACTION94
1.6402-1.72660.26521380.25995989X-RAY DIFFRACTION95
1.7266-1.83480.30681480.23685986X-RAY DIFFRACTION95
1.8348-1.97640.22441460.21826107X-RAY DIFFRACTION96
1.9764-2.17530.18711460.18646000X-RAY DIFFRACTION96
2.1753-2.48990.18951460.16746104X-RAY DIFFRACTION96
2.4899-3.13650.17931490.14146132X-RAY DIFFRACTION97
3.1365-29.70720.15971650.09226081X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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