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- PDB-3qtb: Structure of the universal stress protein from Archaeoglobus fulg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qtb
タイトルStructure of the universal stress protein from Archaeoglobus fulgidus in complex with dAMP
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / a/b class / RFM like / putative universal stress protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / UspA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tkaczuk, K.L. / Shumilin, I.A. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Xu, X. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Evol Appl / 年: 2013
タイトル: Structural and functional insight into the universal stress protein family.
著者: Tkaczuk, K.L. / Shumilin, I.A. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年4月17日Group: Database references
改定 1.32013年6月26日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.82024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1876
ポリマ－34,6792
非ポリマー5084
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.607, 42.655, 61.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-153-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 17339.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_0826 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: O29432
#2: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 25%w/v polyethylene glycol, 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 14965 / Num. obs: 14965 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 734 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0070精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DLO

3dlo
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 12.228 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23747 738 5 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
all0.2017 14059 --
obs0.2017 14059 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-1.35 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 34 50 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4252.0032750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8433402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6735255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46923.33381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15815355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6621519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02388
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 54 -
Rwork0.196 1027 -
obs--99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86960.7256-0.87631.2427-0.36331.3092-0.0394-0.0858-0.01440.01490.06710.0196-0.03440.1352-0.02760.0740.0267-0.02190.0374-0.00780.052419.754629.7929-13.3028
26.8741-6.571-1.89810.17586.460313.78420.3150.4575-0.0253-0.3762-0.1049-0.2151-0.03720.196-0.21020.07660.0188-0.00070.1751-0.03430.127829.266823.4723-29.6174
33.20470.9418-1.67011.7717-0.12961.0569-0.09-0.1662-0.2530.07930.0851-0.0850.12080.18920.00480.16850.0141-0.0310.1739-0.02820.19624.164323.0176-15.2641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 102
3X-RAY DIFFRACTION2B103 - 116
4X-RAY DIFFRACTION3A116 - 134
5X-RAY DIFFRACTION3B117 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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