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- PDB-3qt2: Structure of a cytokine ligand-receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qt2
タイトルStructure of a cytokine ligand-receptor complex
要素
  • Interleukin-5
  • Interleukin-5 receptor subunit alpha
キーワードPROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / cytokine type I receptor fold / fibronectin type III modules / four-helical bundle / Cytokine / Ligand-receptor complex / membrane / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of podosome assembly / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production ...interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of podosome assembly / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / receptor complex / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-5 / : / Interleukin 5 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; ...Interleukin-5 / : / Interleukin 5 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Interleukin-5 / Interleukin-5 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Patino, E. / Kotzsch, A. / Saremba, S. / Nickel, J. / Schmitz, W. / Sebald, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure Analysis of the IL-5 Ligand-Receptor Complex Reveals a Wrench-like Architecture for IL-5Ralpha.
著者: Patino, E. / Kotzsch, A. / Saremba, S. / Nickel, J. / Schmitz, W. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-5 receptor subunit alpha
C: Interleukin-5
D: Interleukin-5
B: Interleukin-5 receptor subunit alpha
E: Interleukin-5
F: Interleukin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,90813
ポリマ－125,7096
非ポリマー1,1997
水99155
1
A: Interleukin-5 receptor subunit alpha
C: Interleukin-5
D: Interleukin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5137
ポリマ－62,8553
非ポリマー6594
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area27020 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-5 receptor subunit alpha
E: Interleukin-5
F: Interleukin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3956
ポリマ－62,8553
非ポリマー5403
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.084, 61.633, 142.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-5 receptor subunit alpha / IL-5 receptor subunit alpha / IL-5R subunit alpha / IL-5R-alpha / IL-5RA / CDw125


分子量: 36117.719 Da / 分子数: 2 / 変異: C66A, K72M, L138M, K167M, L234M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5R, IL5RA / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01344
#2: タンパク質
Interleukin-5 / IL-5 / B-cell differentiation factor I / Eosinophil differentiation factor / T-cell replacing factor / TRF


分子量: 13368.470 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05113
#3: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ISOFORM 2 (IDENTIFIER: Q01344-2), 333-335: NDE -> FSR, 336-420: MISSING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
解説: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9079, 0.9795, 0.9797
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日
放射モノクロメーター: Double xtal Si(111) fixed-exit monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.90791
20.97951
30.97971
反射解像度: 2.55→140.03 Å / Num. all: 91896 / Num. obs: 91854 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.53 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.53 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 8715 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→42.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 16.291 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.299
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns. The sf file includes data of a three wavelength dataset. Only the reflections for the inflection wavelength are only to 2.8A ...詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns. The sf file includes data of a three wavelength dataset. Only the reflections for the inflection wavelength are only to 2.8A resolution, the dataset for the wavelength for remote and peak are up to 2.55A resolution.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26442 2424 5.1 %RANDOM
Rwork0.20723 ---
all0.21025 ---
obs0.21025 91854 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.34 Å20 Å20.44 Å2
2--4.74 Å20 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→42.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8446 0 80 55 8581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.96111855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34151045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16424.378402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.078151526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6561552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.33689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.55970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.5472
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3590.357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0661.55358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83328543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64633792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1274.53312
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 171 -
Rwork0.322 3296 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.28822.63470.45996.7689-0.3684.02810.224-0.42560.02820.3712-0.1969-0.1405-0.12650.2397-0.0272-0.2992-0.0324-0.058-0.35450.0351-0.31737.649230.504596.3312
26.1955-2.4079-4.93611.91592.48315.65690.11660.1305-0.05670.0362-0.14660.3382-0.0541-0.71660.03-0.1551-0.00440.0219-0.41060.0167-0.14048.176742.130192.4293
38.7885-2.6248-3.36272.47831.31635.56760.25221.12840.4916-0.5144-0.14090.0373-0.1746-0.8315-0.1113-0.04660.0022-0.0319-0.28280.0668-0.164417.474641.094977.6349
43.71461.5569-3.40371.3508-0.56875.51720.2062-0.2040.3772-0.09090.0329-0.1507-0.610.7422-0.2391-0.06590.03080.0661-0.4295-0.0013-0.078880.676310.2118114.9762
53.75770.7745-3.7232.7826-1.16846.79360.2632-0.9390.28310.3974-0.143-0.1255-0.44810.9213-0.1202-0.0866-0.0181-0.0579-0.2889-0.0571-0.138374.02399.2507130.9698
65.8860.24332.11263.0272-0.28137.70430.3533-0.3126-0.73310.3801-0.09290.04371.0493-0.7208-0.2604-0.1133-0.2645-0.0273-0.27620.0653-0.155418.97387.982290.6715
73.08231.06851.66463.18393.40848.4207-0.0060.4483-0.1979-0.2519-0.27060.321-0.0743-0.82150.2765-0.36070.0273-0.049-0.0315-0.1248-0.11695.744514.493560.056
86.5309-3.59010.73037.0536-0.09533.80730.20920.4680.0049-0.3563-0.11740.1174-0.1142-0.2694-0.0918-0.27160.0323-0.0492-0.3186-0.0171-0.340350.8118-1.201115.7485
97.2969-0.95911.33833.384-0.42664.49410.45030.5689-1.2011-0.4408-0.14840.25860.77650.2559-0.3018-0.05230.16-0.0732-0.339-0.1335-0.063570.3097-23.6138118.952
103.7904-1.52642.80674.3307-4.36528.9558-0.125-0.37820.01670.2322-0.2985-0.5812-0.07810.73630.4235-0.29030.0177-0.0061-0.12590.0815-0.163288.6611-17.0179146.373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 36
2X-RAY DIFFRACTION1A42 - 83
3X-RAY DIFFRACTION1A88 - 102
4X-RAY DIFFRACTION2C6 - 112
5X-RAY DIFFRACTION3D6 - 112
6X-RAY DIFFRACTION4E6 - 112
7X-RAY DIFFRACTION5F6 - 112
8X-RAY DIFFRACTION6A103 - 120
9X-RAY DIFFRACTION6A129 - 214
10X-RAY DIFFRACTION7A215 - 222
11X-RAY DIFFRACTION7A230 - 313
12X-RAY DIFFRACTION8B8 - 36
13X-RAY DIFFRACTION8B42 - 83
14X-RAY DIFFRACTION8B88 - 102
15X-RAY DIFFRACTION9B103 - 120
16X-RAY DIFFRACTION9B129 - 214
17X-RAY DIFFRACTION10B215 - 222
18X-RAY DIFFRACTION10B230 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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