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- PDB-3qt0: Revealing a steroid receptor ligand as a unique PPARgamma agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qt0
タイトルRevealing a steroid receptor ligand as a unique PPARgamma agonist
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1 peptide
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR gamma LBD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / male mating behavior / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / hypothalamus development / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / BMP signaling pathway / response to retinoic acid / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of angiogenesis / placenta development / cerebellum development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-486 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Rong, H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2012
タイトル: Revealing a steroid receptor ligand as a unique PPAR gamma agonist.
著者: Lin, S. / Han, Y. / Shi, Y. / Rong, H. / Zheng, S. / Jin, S. / Lin, S.Y. / Lin, S.C. / Li, Y.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Nuclear receptor coactivator 1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3323
ポリマ－32,9022
非ポリマー4301
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.220, 95.781, 125.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 30997.021 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 235-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 peptide / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1905.186 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residies 685-700 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA1, BHLHE74, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-486 / 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE / RU-486 / MIFEPRISTONE / ミフェプリストン


分子量: 429.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.496→50 Å / Num. all: 11491 / Num. obs: 11435 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.496→31.476 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2768 547 4.78 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.2002 11435 99.49 %-
all-11491 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.134 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2111 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8497 Å20 Å2
3---1.0608 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→31.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2217 0 32 5 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4533081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.862861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4957-2.74670.34031170.23842674X-RAY DIFFRACTION99
2.7467-3.14390.33431470.23122670X-RAY DIFFRACTION100
3.1439-3.95970.25881430.20042724X-RAY DIFFRACTION100
3.9597-31.47840.25561400.17322820X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.1551 Å / Origin y: -14.5256 Å / Origin z: -14.9972 Å
111213212223313233
T0.2403 Å20.0488 Å20.0216 Å2-0.2663 Å20.017 Å2--0.1994 Å2
L2.3056 °20.2309 °20.5327 °2-3.2231 °2-0.9919 °2--3.1762 °2
S0.0188 Å °-0.0846 Å °-0.3021 Å °0.3086 Å °0.1298 Å °0.2779 Å °0.2151 Å °-0.2345 Å °-0.1774 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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