[日本語] English
万見
- PDB-3qrb: crystal structure of E-cadherin EC1-2 P5A P6A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qrb
タイトルcrystal structure of E-cadherin EC1-2 P5A P6A
要素Cadherin-1
キーワードCELL ADHESION / cadherin
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / desmosome assembly / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / positive regulation of cell-cell adhesion ...uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / desmosome assembly / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / positive regulation of cell-cell adhesion / lateral loop / desmosome / regulation of protein localization to cell surface / regulation of neuron migration / epithelial cell morphogenesis / alpha-catenin binding / trophectodermal cell differentiation / bicellular tight junction assembly / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Schmidt-Lanterman incisure / flotillin complex / intestinal epithelial cell development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / catenin complex / node of Ranvier / negative regulation of protein processing / apical junction complex / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / microvillus / decidualization / establishment of skin barrier / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / cytoskeletal protein binding / positive regulation of protein localization / axon terminus / embryo implantation / protein localization to plasma membrane / cell periphery / adherens junction / cellular response to amino acid stimulus / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / negative regulation of epithelial cell proliferation / apical part of cell / cell-cell junction / regulation of protein localization / actin cytoskeleton organization / regulation of gene expression / protein phosphatase binding / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / endosome / protein domain specific binding / axon / calcium ion binding / cell surface / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Cadherin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jin, X. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Molecular design principles underlying beta-strand swapping in the adhesive dimerization of cadherins.
著者: Vendome, J. / Posy, S. / Jin, X. / Bahna, F. / Ahlsen, G. / Shapiro, L. / Honig, B.
履歴
登録2011年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年12月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cadherin-1
B: Cadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,20714
ポリマ－46,4182
非ポリマー78912
水16,268903
1
A: Cadherin-1
ヘテロ分子

A: Cadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,20714
ポリマ－46,4182
非ポリマー78912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2680 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
2
B: Cadherin-1
ヘテロ分子

B: Cadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,20714
ポリマ－46,4182
非ポリマー78912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.185, 92.583, 79.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cadherin-1 / ARC-1 / Epithelial cadherin / E-cadherin / Uvomorulin


分子量: 23208.793 Da / 分子数: 2
断片: Cadherin 1 and Cadherin 2 Domains, UNP residues 157-369
変異: P161A, P162A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09803
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 903 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG8000, 10% ethylene glycol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 74512 / Num. obs: 73693 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FF5

1ff5


解像度: 1.8→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.567 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17805 3712 5 %RANDOM
Rwork0.16162 ---
obs0.16246 69888 98.81 %-
all-73693 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å2-0.39 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3264 0 42 903 4209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223434
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9644691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4055451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97126.154156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48415568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2311513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0720.226
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5961.52168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14623559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0231266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4924.51118
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 273 -
Rwork0.294 5003 -
obs--96.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0777-1.2810.35032.5836-0.72012.1974-0.00380.07490.0113-0.0617-0.0393-0.04010.04310.08580.04310.002700.00250.0091-0.00410.009957.6307-14.137730.5549
25.3979-3.01570.70842.1164-0.50240.36570.20220.28130.0861-0.1289-0.1966-0.0490.0046-0.0127-0.00570.07050.0660.00850.0816-0.00910.039922.802315.377720.7301
31.76181.4452-0.33252.5363-0.66192.15390.0175-0.06620.0167-0.0123-0.0532-0.0726-0.14090.26410.03560.0116-0.02040.00250.0404-0.00680.016361.15756.88887.9874
45.85623.8249-0.192.6265-0.16660.52920.4025-0.4529-0.29190.2485-0.321-0.14590.217-0.1439-0.08150.1413-0.1168-0.04630.11210.02380.053828.7394-24.853517.1608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2A98 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4B98 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る